Шеперд, сын Даниэля и Анны (Форрест) Шеперд, родился в Боскавене , штат Нью-Хэмпшир, 31 октября 1800 года. Он поступил в Дартмутский колледж в 1823 году, но провел последний год обучения в Йельском колледже . Он получил степень бакалавра в обоих колледжах в 1827 году. Он оставался в Нью-Хейвене в качестве аспиранта в течение двух или трех лет, а 29 апреля 1832 года женился на Софии В. Сторер из Ратленда , штат Вирджиния. В 1841 и 1842 годах он прошел неполный курс в Йельской школе богословия .
Его активная жизнь была посвящена преподаванию и изучению естественных наук, и, хотя его дом оставался в Нью-Хейвене, он большую часть времени отсутствовал, занимаясь геологическими и географическими исследованиями. В 1846 году он посетил южный берег Верхнего озера , где обследовал и определил местонахождение нескольких медных и железных рудников, которые с тех пор приобрели важное значение; а в 1847 году он исследовал минеральные земли между Верхним озером и Гудзоновом заливом . В 1848 году он много путешествовал по Великобритании, в 1849 году — по Кубе и Центральной Америке, а в 1850 и 1851 годах исследовал почти всю Калифорнию. В 1856 и 1857 годах он исследовал остров Ньюфаундленд , а в 1859 и 1860 годах Нью-Брансуик и острова вЗалив Фанди . В 1865 году он посетил Северную Мексику и юго-западную часть Союза.
С 1847 по 1856 год он занимал должность профессора экономической геологии и сельскохозяйственной химии в Западном резервном колледже в Гудзоне, штат Огайо , читая ежегодный курс лекций, выполняя обязанности своей кафедры. Во время Гражданской войны в США Шепард написал президенту Аврааму Линкольну , предлагая использовать хлористый водород , чтобы вывести из строя войска Конфедерации или заставить их отступить, но его идея не была принята. [1]
Его жена умерла раньше него, и его последние годы были проведены с его детьми. Он умер в Норидже, штат Коннектикут , 7 декабря 1888 года, на 89-м году жизни, во время посещения своей старшей дочери, вдовы преподобного Уильяма Хатчисона. Он оставил также дочь, жену преподобного Чарльза Т. Вейцеля, и сына.