Gene Codes Corporation - частная международная фирма, базирующаяся в Анн-Арборе, штат Мичиган , которая специализируется на биоинформатическом программном обеспечении для анализа генетических последовательностей . Его флагманский программный продукт, Sequencher, представляет собой программное обеспечение для секвенирования, используемое во всем мире. Его целенаправленно используют исследователи академических и государственных лабораторий, а также биотехнологические и фармацевтические компании для сборки последовательности ДНК.
Тип | Частная |
---|---|
Промышленность | Биоинформатика и инженерия |
Основан | 1988 г. |
Штаб-квартира | Анн-Арбор, Мичиган, США |
Ключевые люди | Ховард Кэш, президент и главный исполнительный директор [1] |
Продукты | Инструменты анализа последовательности ДНК |
Веб-сайт | www |
История
Корпорация Gene Codes была основана в 1988 году в Анн-Арборе, штат Мичиган. В 1991 году было выпущено программное обеспечение для сборки и анализа последовательностей ДНК, Sequencher. К 1997 году почти каждая крупная фармацевтическая компания и коммерческая компания в области геномики в мире были стандартизированы на Sequencher, как и большинство лабораторий в крупных академических центрах. Sequencher 5.4 был выпущен в 2015 году. [2]
Секвенсор
Sequencher 5.1 может выполнять секвенирование по Сэнгеру и секвенирование следующего поколения. Он имеет расширенные инструменты, которые помогают в общем анализе последовательностей и создании отчетов, которые являются глубоким анализом в наборе данных о клиентах.
- Общий анализ
- Выравнивание контрольной последовательности
- Таблица отклонений
- Обширные возможности импорта и экспорта
- NCBI BLAST Поиск
- Секвенирование по Сэнгеру
- Импортируйте данные с любого из основных инструментов CE
- Очистить необработанные данные путем обрезки векторных баз низкого качества
- Выполняйте выравнивание de novo или сборку на основе ссылок с помощью гибкого
- Легко перемещайтесь между выровненными файлами данных, анализируйте трассы локально или глобально, чтобы найти вторичные или неназванные пики.
- Мгновенное переключение между многокадровым преобразованием исходной последовательности и картами ограничений
- Настройка шаблонов многократного использования для общих проектов, позволяющих использовать базовую нумерацию и функции из эталонной последовательности для аннотирования новых трасс.
- Сравните похожие проекты с помощью таблицы отклонений
- Расширенные мощные инструменты для обнаружения мутаций и SNP и обращения к необработанным данным для устранения артефактов секвенирования
- Создавайте отчеты, которые быстро и четко документируют результаты исследований
- Секвенирование следующего поколения
- Легко импортировать чтения NGS
- Выберите Maq или GSNAP в качестве алгоритма выравнивания.
- Просмотр результатов с помощью планшета
- Анализ SNP и исследования метилирования
Награды
- Международное общество вычислительной биологии признает Криминалистику Ховарда Кэша и генных кодов за уникальное применение вычислительной биологии для помощи в идентификации жертв бедствий. Президент ISCB Михаил Грибсков назвал вклад Генных кодов «уникальным, ценным и выходящим за рамки того, чего можно было ожидать».
- Зона информационных технологий Анн-Арбора награждает корпорацию Gene Codes наградой «Несокрушимая награда за рост и достижения».
- Компания Gene Codes была удостоена премии Мерланти за лучшие практики в области деловой этики.
- Genome Technology делает Говарда Кэша [ постоянная мертвая ссылка ] человеком года в своей номинации All-Star Awards.
- Корпорация Gene Codes названа одним из 50-ти будущих городов Большого Детройта: «В знак признания вашего выдающегося вклада в развитие столичного Детройта посредством продаж и роста занятости».
- Ernst & Young и The New Enterprise Forum называют Ховарда Кэша, президента, генерального директора и основателя Gene Codes, предпринимателем года.
- Gene Codes получает награду Fast Track Award округа Ваштено.
- Sequencher получает лучший продукт для сборки последовательности ДНК от Biotechnology Software & Internet Journal.
- Компания Gene Codes получает награду Michigan Leading Edge Technology Award в категории биотехнологий. Награда отмечает инновации, представленные в Sequencher версии 3.0, с особым упоминанием усовершенствований, которые позволили повысить автоматизацию процессов.
- Компания Gene Codes получает награду «Лучшая презентация года» от Мичиганского отделения Форума новых предприятий: «В знак признания инновационного предприятия, которое помогло компании Gene Codes Corporation стать образцовой предпринимательской фирмой».
Рекомендации
- ^ Страница признательности генным кодам , веб-сайт Джонатана Хойла
- ^ Gene Codes Releases Sequencher 5.4, Программное обеспечение для анализа последовательности ДНК , 10 ноября 2015 г., 10:00 утра по восточному поясному времени, BUSINESS WIRE
- Томас Д. Ву и Сербан Наку, Быстрое и устойчивое к SNP обнаружение сложных вариантов и сплайсинг в коротких чтениях, Bioinformatics 2010 26: 873-881
- Хенг Ли, Цзюэ Руан и Ричард Дурбин, Отображение коротких последовательностей ДНК, считывает и вызывает варианты с использованием показателей качества картирования, Genome Research 2008 18: 1851-1858
- Ян Милн, Мика Байер, Линда Кардл, Пол Шоу, Гордон Стивен, Фрэнк Райт и Дэвид Маршалл, «Визуализация сборки последовательности следующего поколения на планшете», BioInformatics 2010 26: 40-402
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт
- Демо-загрузка секвенсора
- Обучение / учебные пособия. Для ученых, которым нужна помощь в изучении различных функций Sequencher, доступен ряд полезных руководств.