В биоинформатики , геном браузер представляет собой графический интерфейс для отображения информации из биологической базы данных для геномных данных. [1] Браузеры генома позволяют исследователям визуализировать и просматривать полные геномы с аннотированными данными, включая предсказание и структуру генов, белки, экспрессию, регуляцию, вариации, сравнительный анализ и т. Д. Аннотированные данные обычно поступают из множества различных источников. Они отличаются от обычных биологических баз данных тем, что отображают данные в графическом формате с координатами генома на одной оси с аннотациями или графикой, заполняющей пространство, чтобы показать анализ генов, такой как частота генов, их профили экспрессии и т. Д. [1]
Доступно большое количество браузеров генома, многие из них бесплатные и с базами данных, доступными в Интернете. Среди наиболее известных - UCSC Genome Browser , Ensembl Genome Browser и NCBI 's Genome Data Viewer. [2] [3] Эти браузеры генома могут поддерживать несколько геномов, однако другие браузеры генома могут быть специфичными для определенных видов. [1] Эти браузеры могут предоставлять сводку данных из геномных баз данных и сравнительную оценку различных генетических последовательностей у нескольких видов, а также позволять визуализировать данные различными способами для облегчения оценки и интерпретации этих сложных данных. [4] [5]
Рекомендации
- ^ a b c Цзюнь Ван, Лэй Конг, Ге Гао, Цзинчу Луо (март 2013 г.). «Краткое введение в веб-браузеры генома» . Брифинги по биоинформатике . 14 (2): 131–143. DOI : 10.1093 / нагрудник / bbs029 . PMID 22764121 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ Майкл Спайчер; Стилианос Э. Антонаракис; Арно Г. Мотульский, ред. (2010). «Базы данных и браузеры генома» . Генетика человека Фогеля и Мотульского: проблемы и подходы (4-е изд.). Springer. С. 905–920. ISBN 978-3540376538.
- ^ Джонатан Певснер (26 октября 2015 г.). Биоинформатика и функциональная геномика (3-е изд.). Вайли. С. 50–52. ISBN 9781118581780.
- ^ Джоэл Т. Дадли, Конрад Дж. Карчевски (3 января 2013 г.). Изучение личной геномики . С. 64–72. ISBN 9780199644483.CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ Ван Цзылин, Чжан Лишу (2 июля 2018 г.). Основные компьютерные навыки для биологов . Всемирная научная издательская компания. С. 20–29. ISBN 9781848169265.CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )