Практика Бодуэна в Квебеке заключалась в том, что он был врачом местных урсулинок , а также в семинарии Квебека. В 1695 году он был назначен главным хирургом Квебека и занимал эту должность до своей смерти из-за эпидемии. У него остались жена и восемь детей. Три дочери стали монахинями, а один сын Мишель стал священником- иезуитом . Другой сын, Жерве , стал хирургом.