Премьера второго сезона « Частной практики» , спин-оффа « Анатомии страсти» , состоялась 1 октября 2008 года и завершилась 30 апреля 2009 года. Сезон состоял из 22 серий.
Первая половина второго сезона была посвящена финансовым проблемам практики. Наоми сообщает Аддисону, что они рискуют потерять практику из-за невыплаченного долга, из-за чего Аддисон сообщает об этом Сэму. Это, в свою очередь, приводит к изменению практики, делая Эддисона новым боссом. Еще больше драматизма добавило соревнование с новой практикой Pacific Wellcare. Этой новой практикой, расположенной в том же здании, что и Oceanside Wellness, руководила Шарлотта, что вызвало смятение у нее и Купера.
Еще одно событие этого сезона — это динамика между Сэмом и Наоми, которые к финалу понимают, что больше не могут быть друзьями, а также углубляющиеся романтические отношения Купера и Шарлотты. У Аддисон были романтические отношения с Кевином Нельсоном (которого играл Дэвид Сатклифф), офицером полиции, но позже понял, что их отношения ни к чему не привели. Ближе к концу сезона Эддисон влюбляется в сердечно-сосудистого хирурга Ноа Барнса, который, как выясняется, женат и ждет первенца. Ситуация усложняется, когда Аддисон понимает, что жена Ноя — одна из ее пациенток. Арчер Монтгомери (Грант Шоу), брат-плейбой Аддисон, также время от времени появлялся, доставляя неприятности ей и Наоми. У Арчера обнаружили агрессивную опухоль головного мозга, которую позже диагностировали как паразитов. Эддисон обратилась за профессиональной помощью к своему бывшему мужу Дереку Шепарду (Патрик Демпси). После того, как Дерек успешно спас Арчера, Эддисон обнаружил, что вернулся к своим старым трюкам, изменяя Наоми.
Вайолет разбудила свою собственную драму, когда начала встречаться с Шелдоном (Брайан Бенбен), который работает в Pacific Wellcare, и Питом. Во второй половине сезона выяснилось, что Вайолет беременна, хотя она не знала, кто отец ее ребенка. Кроме того, Вайолет оказалась и ее будущий ребенок во власти психотической пациентки, стремящейся забрать ребенка Вайолет любыми необходимыми средствами в заключительные моменты финала сезона. Тем временем Делл боролся со своими проблемами, вызванными пристрастием его бывшей девушки к наркотикам и борьбой за опеку над его дочерью Бетси. Среди медицинских случаев, вызвавших переполох и напряжение среди врачей частной практики, были аборты (впервые в практике), смена пола новорожденного, сексуальная активность 12-летнего ребенка, смена пола новорожденного. эмбрионов для двух будущих матерей и молодой пары, которая позже обнаружила, что они братья и сестры.
Когда у Арчера случился припадок, Эддисон и Наоми ищут причину и лекарство. Им даже приходится звать Дерека на помощь. Эддисон и Наоми уезжают в Сиэтл у постели Арчера. Тем временем Вайолет рассказывает Шелдону и Питу о своей беременности, а Куперу приходится заботиться о семилетнем брошенном пациенте. Делл обеспокоен, когда ребенок, которого он рожает, не проявляет нормальных поведенческих признаков. Ревность Шарлотты к дружбе Купера и Вайолет мешает их воссоединению.
Бэйли ( Чандра Уилсон ) и Наоми пытаются выяснить, почему у Сэма случается внезапный приступ астмы, в то время как Эддисон помогает Дереку ( Патрик Демпси ) спасти жизнь его беременной пациентки. В Oceanside Wellness Купер, Вайолет и Пит вместе лечат мать, страдающую от послеродовой депрессии.