Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Protein Reference Database Human ( HPRD ) представляет собой белок базы данных доступны через Интернет . [1]

Обзор [ править ]

HPRD является результатом международных совместных усилий Института биоинформатики в Бангалоре, Индия, и лаборатории Pandey в Университете Джонса Хопкинса в Балтиморе, США. HPRD содержит вручную подобранную научную информацию, относящуюся к биологии большинства белков человека. Информация о белках, участвующих в заболеваниях человека, аннотирована и связана с онлайн-базой данных по менделевскому наследованию в человеке (OMIM). Национальный центр биотехнологической информации обеспечивает связь с HPRD через свои базы данных белков человека (например, Entrez Gene, белок RefSeq, относящийся к генам и белкам.

Этот ресурс отображает информацию о функциях белков человека, включая белок-белковые взаимодействия , посттрансляционные модификации , отношения фермент-субстрат и ассоциации с болезнями. Каталогизированная информация о белках была получена путем ручного курирования с использованием опубликованной литературы опытных биологов и путем биоинформатического анализа белковой последовательности. Данные белок-белкового взаимодействия и субклеточной локализации из HPRD были использованы для разработки сети взаимодействия белков человека. [2]

Основные характеристики HPRD:

  • Из 10 000 белок-белковых взаимодействий (PPI), аннотированных для 3 000 белков в 2003 году, HPRD выросла до более 36 500 уникальных PPI, аннотированных для 25 000 белков, включая 6360 изоформ, к концу 2007 г. [3]
  • Более 50% молекул, аннотированных в HPRD, имеют по крайней мере один PPI, а 10% имеют более 10 PPI.
  • Эксперименты с ИПП в широком смысле сгруппированы в три категории, а именно in vitro, in vivo и двухгибридные дрожжи (Y2H). Шестьдесят процентов PPI, аннотированных в HPRD, поддерживаются одним экспериментом, в то время как 26% ​​из них имеют аннотации двух из трех экспериментальных методов.
  • HPRD содержит 18 000 вручную подобранных данных PTM, принадлежащих 26 различным типам. Фосфорилирование - это ведущий тип модификации белка, на который приходится 63% данных PTM, аннотированных в HPRD. События гликозилирования , протеолитического расщепления и дисульфидного мостика являются следующими ведущими источниками данных PTM.
  • Данные HPRD доступны для загрузки в форматах файлов с разделителями табуляции и XML . [4]

HPRD также объединяет данные из Human Proteinpedia , портала сообщества для интеграции данных о человеческих белках. Данные из HPRD могут быть свободно доступны и использоваться академическими пользователями, в то время как коммерческие организации должны получить лицензию на использование. Контент Human Proteinpedia [5] находится в свободном доступе для скачивания и использования.

PhosphoMotif Finder [ править ]

PhosphoMotif Finder [6] содержит известный субстрат киназы / фосфатазы, а также связывающие мотивы, взятые из опубликованной литературы. Он сообщает ПРИСУТСТВИЕ любого литературного мотива в запросной последовательности. PhosphoMotif Finder НЕ ПРОГНОЗИРУЕТ какие-либо мотивы в последовательности запрашиваемого белка, используя какой-либо алгоритм или другие вычислительные стратегии.

Сравнение данных по белкам [ править ]

Существуют и другие базы данных, которые имеют дело с протеомом человека (например, BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct, MINT, MIPS, PDZBase и Reactome). Каждая база данных имеет свой стиль представления данных. Для большинства исследователей сложно сравнить объемные данные из этих баз данных, чтобы сделать выводы о сильных и слабых сторонах каждой базы данных. Мативанан и его коллеги [7] пытались решить эту проблему, анализируя данные о белках, задавая различные вопросы. Этот анализ поможет биологам сделать выбор среди этих баз данных в зависимости от их потребностей.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Peri S, et al. (2003). «Разработка справочной базы данных белков человека в качестве начальной платформы для приближения к системной биологии человека» . Геномные исследования . 13 (10): 2363–71. DOI : 10.1101 / gr.1680803 . PMC  403728 . PMID  14525934 .
  2. ^ Ганди TKB; и другие. (Март 2006 г.). «Анализ взаимодействия белков человека и сравнение с наборами данных взаимодействия дрожжей, червей и мух». Генетика природы . 38 (3): 285–293. DOI : 10.1038 / ng1747 . PMID 16501559 . S2CID 1446423 .  
  3. ^ Mathivanan S .; и другие. (2006). «Оценка общедоступных данных белок-белкового взаимодействия человека» . BMC Bioinformatics . 2006 (7): S19. DOI : 10.1186 / 1471-2105-7-s5-S19 . PMC 1764475 . PMID 17254303 .  
  4. ^ Mishra G .; и другие. (2006). «Справочная база данных белков человека - обновление 2006 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (выпуск базы данных): 411–414. DOI : 10.1093 / NAR / gkj141 . PMC 1347503 . PMID 16381900 .  
  5. ^ Mathivanan S .; и другие. (2008). «Human Proteinpedia позволяет обмениваться данными о человеческих белках» (PDF) . Природа Биотехнологии . 26 (2): 164–167. DOI : 10.1038 / nbt0208-164 . hdl : 10261/60528 . PMID 18259167 . S2CID 205265347 .   
  6. ^ Amanchy R .; и другие. (2007). «Сборник тщательно подобранных субстратов на основе фосфорилирования и связывающих мотивов». Природа Биотехнологии . 2007 (25): 285–286. DOI : 10.1038 / nbt0307-285 . PMID 17344875 . S2CID 38824337 .  
  7. ^ Mathivanan S, Periaswamy B, Gandhi TK, et al. (2006). «Оценка общедоступных данных белок-белкового взаимодействия человека» . BMC Bioinformatics . 7 Приложение 5: S19. DOI : 10.1186 / 1471-2105-7-S5-S19 . PMC 1764475 . PMID 17254303 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • http://www.humanproteinpedia.org
  • http://www.hprd.org