Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Inte: Ligand GmbH
ТипЧастный
ПромышленностьЕстественные науки
Основан2003 г.
Штаб-квартира
Вена
,
Австрия
Обслуживаемая площадьпо всему миру
Ключевые людиТьерри Лангер (основатель) Герхард Вольбер (основатель) Герман Штуппнер (основатель) Шэрон Д. Брайант (генеральный директор)
ПродуктыLigandScout Essential LigandScout Продвинутый Эксперт LigandScout KNIME iLib: Diverse PharmacophoreDB
УслугиКонтрактные исследования, Дизайн библиотеки In-Silico,

Поддержка оптимизации потенциальных клиентов, виртуальный скрининг, профилирование активности, разработка 3D-фармакофоров,

Научная разработка программного обеспечения
Веб-сайтwww .inteligand .com

Inte: Ligand была основана в городе Мария Энцерсдорф , Нижняя Австрия (Niederösterreich) в 2003 году. [1] В том же году они основали штаб-квартиру компании на Марияхильферштрассе в Вене , Австрия .

В 2007 году Inte: Ligand был удостоен награды NÖ Innovation (Innovationpreis) за разработку программного обеспечения для моделирования LigandScout. [2] [3] [4] [5] По состоянию на 2017 год было опубликовано более 1500 литературы, глав книг и обзорных статей, связанных с программной технологией InteLigand в области виртуального скрининга, [6] [7] [8] 3D -фармакофорное моделирование, [9] [10] [11] [12] идентификация попаданий, [13] [14] [15] [16] [17] [18] поддержка принятия решений в области медицинской химии », [19] [20] [21 ] ] профилирование деятельности, [22]стыковка, создание соединений на основе фрагментов, [23] белок-белковые взаимодействия, [24] перепрофилирование лекарств [25] и моделирование молекулярной динамики. [26] [27] [28]

Другие приложения включают в себя открытие новых миелопероксидазы лигандов, [29] ВИЧ ингибиторы обратной транскриптазы, [30] применения в анти-вирусной био-активности профилирования, [31] разработка моделей для прогнозирования ВИЧ - активности протеаз, [32] цитохрома Р450 активность предсказание, [33] и имитационные модели для деятельности на Факторе Ха . [34]

Наука и технологии [ править ]

  • LigandScout Essential - это научная программа для дизайна молекул de novo, для получения трехмерных фармакофоров на основе структур и лигандов, выполнения молекулярных трехмерных сопоставлений, трехмерного моделирования фармакофоров, виртуального скрининга, создания мультиконформационных библиотек соединений для виртуального скрининга, аннотирования соединений библиотеки и выполнять фильтрацию, сортировку и расширенное редактирование фармакофоров и молекул.
  • LigandScout Advanced - это научная программа, которая обладает всеми функциями LigandScout Essential плюс стыковка, моделирование фармакофоров сайта Apo, поиск карманов, анализ траекторий молекулярной динамики.
  • LigandScout Expert KNIME Extensions предоставляет более 45 научных алгоритмов Inte: Ligand, обернутых в расширения KNIME, которые можно использовать для разработки индивидуальных рабочих процессов, связанных с компьютерным дизайном лекарств с использованием платформы KNIME.

См. Также [ править ]

Другие компании и учреждения, предоставляющие программное обеспечение для открытия новых лекарств:

  • Accelrys
  • Genedata
  • Программное обеспечение OpenEye Scientific
  • Группа химических вычислений
  • Шредингер
  • Pharmacelera

Ссылки [ править ]

  1. ^ "Inte: Ligand Software-Entwicklungs- und Consulting GmbH - Вена - Телефон - Kontakt - Информация и консалтинг - Firmen AZ" . firmen.wko.at (на немецком языке) . Проверено 2 июля 2017 .
  2. ^ Вольбер, Герхард; Дорнхофер, Алоис А .; Лангер, Тьерри (01.12.2006). «Эффективное наложение малых органических молекул с помощью 3D-фармакофоров». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 20 (12): 773–788. DOI : 10.1007 / s10822-006-9078-7 . ISSN 0920-654X . PMID 17051340 .  
  3. ^ "Land Niederösterreich und Wirtschaftskammer NÖ verleihen NÖ Innovationspreis 2007" . OTS.at . Проверено 2 июля 2017 .
  4. ^ "Waldviertelnews.at" . www.waldviertelnews.at . Проверено 2 июля 2017 .
  5. ^ Вольбер, Герхард; Лангер, Тьерри (01.01.2005). «LigandScout: 3-D фармакофоры, полученные из лигандов, связанных с белками, и их использование в качестве виртуальных фильтров скрининга». Журнал химической информации и моделирования . 45 (1): 160–169. DOI : 10.1021 / ci049885e . ISSN 1549-9596 . PMID 15667141 .  
  6. ^ Карабога, Арно С .; Planesas, Jesús M .; Петронин, Флоран; Тейксидо, Хорди; Суше, Мишель; Перес-Нуено, Виолета И. (24 мая 2013 г.). «Высокоспецифичная и чувствительная модель фармакофоров для идентификации антагонистов CXCR4. Сравнение с эффективностью стыковки и сопоставления форм виртуального скрининга». Журнал химической информации и моделирования . 53 (5): 1043–1056. DOI : 10.1021 / ci400037y . ISSN 1549-9596 . PMID 23577723 .  
  7. ^ Сандерс, Marijn PA; Barbosa, Arménio JM; Зажицкая, Варвара; Николаес, Джерри А.Ф.; Klomp, Jan PG; де Влиг, Якоб; Дель Рио, Альберто (25 июня 2012 г.). «Сравнительный анализ инструментов скрининга фармакофоров». Журнал химической информации и моделирования . 52 (6): 1607–1620. DOI : 10.1021 / ci2005274 . ISSN 1549-9596 . PMID 22646988 .  
  8. ^ Касерер, Т .; Обермозер, В .; Weninger, A .; Gust, R .; Шустер, Д. (29 ноября 2016 г.). «Оценка выбранных инструментов трехмерного виртуального скрининга для перспективной идентификации частичных агонистов рецептора, активируемого пролифератором пероксисом (PPAR)» . Европейский журнал медицинской химии . 124 : 49–62. DOI : 10.1016 / j.ejmech.2016.07.072 . PMID 27560282 . 
  9. ^ Зайдель, Томас; Bryant, Sharon D .; Ибис, Гекхан; Поли, Джулио; Лангер, Тьерри (2017). Варнек, Александр (ред.). Учебники по химиоинформатике . John Wiley & Sons, Ltd., стр. 279–309. DOI : 10.1002 / 9781119161110.ch20 . ISBN 9781119161110.
  10. ^ Лагард, Натали; Делахай, Соленн; Загури, Жан-Франсуа; Монтес, Матье (2016-09-06). «Различение агонистов и антагонистов лигандов ядерных рецепторов с использованием 3D-фармакофоров» . Журнал химинформатики . 8 (1): 43. DOI : 10,1186 / s13321-016-0154-2 . ISSN 1758-2946 . PMC 5011875 . PMID 27602059 .   
  11. ^ Лю, Цзиюань; Тиан, Чжэнь; Чжан, Ялин (2016-10-06). «Открытие на основе структуры потенциально активных семиохимических веществ для Cydia pomonella (L.)» . Научные отчеты . 6 (1): 34600. DOI : 10.1038 / srep34600 . ISSN 2045-2322 . PMC 5052595 . PMID 27708370 .   
  12. ^ Вольбер, Герхард; Косара, Роберт (2006). Лангер, Тьерри; Хоффманн, Реми Д. (ред.). Фармакофоры и поиск фармакофоров . Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA. стр.  131 -150. DOI : 10.1002 / 3527609164.ch6 . ISBN 9783527609161.
  13. ^ Лангер, Тьерри; Хоффманн, Реми; Брайант, Шарон; Лесур, Бриджит (2009). «Поиск попаданий: к« более умным »подходам». Текущее мнение в фармакологии . 9 (5): 589–593. DOI : 10.1016 / j.coph.2009.06.001 . PMID 19576852 . 
  14. ^ Takimoto, Seisuke; Сугиура, Айри; Минами, Саки; Тасака, Томохико; Накагава, Ёсиаки; Миягава, Хисаси (01.04.2016). «Исследование in silico агонистов / антагонистов брассинолида». Письма по биоорганической и медицинской химии . 26 (7): 1709–1714. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2016.02.054 . PMID 26935445 . 
  15. ↑ Вуоринен, Анна; Энгели, Роджер; Мейер, Арне; Бахманн, Фабио; Griesser, Ulrich J .; Шустер, Даниэла; Одерматт, Алекс (24.07.2014). «Моделирование фармакофоров на основе лигандов и виртуальный скрининг для открытия новых ингибиторов 17β-гидроксистероиддегидрогеназы 2» . Журнал медицинской химии . 57 (14): 5995–6007. DOI : 10.1021 / jm5004914 . ISSN 0022-2623 . PMC 4111740 . PMID 24960438 .   
  16. ^ Перди, Андрей; Ковач, Андрей; Вольбер, Герхард; Блано, Дидье; Гобец, Станислав; Солмайер, Том (15 мая 2009 г.). «Открытие новых ингибиторов бензол-1,3-дикарбоновой кислоты бактериальных лигаз MurD и MurE с помощью подхода виртуального скрининга на основе структуры». Письма по биоорганической и медицинской химии . 19 (10): 2668–2673. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2009.03.141 . PMID 19369074 . 
  17. ^ Вальтенбергер, Биргит; Гарша, Ульрике; Теммл, Вероника; Лирс, Жозефина; Верц, Оливер; Шустер, Даниэла; Ступпнер, Германн (2016-04-25). «Открытие эффективных ингибиторов растворимой эпоксидгидролазы (sEH) с помощью виртуального скрининга на основе фармакофоров». Журнал химической информации и моделирования . 56 (4): 747–762. DOI : 10.1021 / acs.jcim.5b00592 . ISSN 1549-9596 . PMID 26882208 .  
  18. ^ Voet, Arnout RD; Кумар, Ашутош; Беренджера, Франсуа; Чжан Кам Ю.Дж. (01.04.2014). «Комбинирование подходов in silico и in cerebro для виртуального скрининга и прогнозирования позы в SAMPL4». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 28 (4): 363–373. DOI : 10.1007 / s10822-013-9702-2 . ISSN 0920-654X . PMID 24446075 .  
  19. ^ DeBonis, Salvatore; Скуфиас, Димитриос А .; Индорато, Роза-Лор; Лигер, Франсуа; Марке, Бернар; Лаггнер, Кристиан; Жозеф, Бенуа; Козельский, Франк (2008-03-01). «Взаимосвязь между структурой и активностью аналогов S-тритил-1-цистеина как ингибиторов митотического кинезина Eg5 человека». Журнал медицинской химии . 51 (5): 1115–1125. DOI : 10.1021 / jm070606z . ISSN 0022-2623 . PMID 18266314 .  
  20. ^ Полищук, Павел Г .; Самойленко, Георгий В .; Христова, Татьяна М .; Крыско, Ольга Л .; Кабанова, Татьяна А .; Кабанов Владимир М .; Корнылов Александр Юрьевич; Климчук, Ольга; Лангер, Тьерри (2015-10-08). «Дизайн, виртуальный скрининг и синтез антагонистов αIIbβ3 в качестве антитромбоцитарных агентов». Журнал медицинской химии . 58 (19): 7681–7694. DOI : 10.1021 / acs.jmedchem.5b00865 . ISSN 0022-2623 . PMID 26367138 .  
  21. ^ Баррека, Мария Летиция; Де Лука, Лаура; Ираси, Нунцио; Рао, Анджела; Ферро, Стефания; Мага, Джованни; Чимирри, Альба (2007-03-01). "Идентификация фармакофоров на основе структуры новых химических каркасов в качестве ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы". Журнал химической информации и моделирования . 47 (2): 557–562. DOI : 10.1021 / ci600320q . ISSN 1549-9596 . PMID 17274611 .  
  22. ^ Лангер, Тьерри; Брайант, Шэрон Д. (2013-10-01). «Вычислительные методы целевого профилирования лекарственных средств и полифармакология». Открытие и дизайн лекарств в Silico . Серия книг по науке будущего. Future Science Ltd. стр. 178–188. дои : 10,4155 / ebo.13.417 . ISBN 978-1-909453-01-2.
  23. ^ Дейон-Юнг, Лоуренс; Морис, Кристоф; Шери, Флоренция; Гей, Джули; Лангер, Тьерри; Франц, Мари-Селин; Розот, Роджер; Далко-Чиба, Мария (16.03.2016). «Фрагментный скрининг in silico на основе фармакофора: мощный подход к эффективному обнаружению свинца». Med. Chem. Commun . 7 (3): 506–511. DOI : 10.1039 / c5md00444f . ISSN 2040-2511 . 
  24. ^ Golestanian, Sahand; Шарифи, Амирхоссейн; Popowicz, Grzegorz M .; Азизян, Хома; Форумади, Алиреза; Швагерчак, Александра; Holak, Tad A .; Аманлу, Масуд (15 января 2016 г.). «Открытие новых двойных ингибиторов против белков Mdm2 и Mdmx с помощью in silico подходов и анализа связывания». Науки о жизни . 145 : 240–246. DOI : 10.1016 / j.lfs.2015.12.047 . PMID 26746660 . 
  25. ^ Вэй, Иньсян; Ма, Юаньфан; Чжао, Цин; Рен, Чжигуан; Ли, Ян; Хоу, Тинцзюнь; Пэн, Хуэй (2012-08-01). «Новое использование старого лекарства: ингибирование ABCG2 с помощью сорафениба» . Молекулярная терапия рака . 11 (8): 1693–1702. DOI : 10.1158 / 1535-7163.MCT-12-0215 . ISSN 1535-7163 . PMID 22593228 .  
  26. ^ Shirgahi талари, Faezeh; Багерзаде, Ковсар; Голестанян, Саханд; Ярстфер, Майкл; Аманлу, Масуд (28 декабря 2015 г.). «Сильные ингибиторы теломеразы человека: молекулярно-динамическое моделирование, множественный виртуальный скрининг на основе фармакофоров и биохимические анализы». Журнал химической информации и моделирования . 55 (12): 2596–2610. DOI : 10.1021 / acs.jcim.5b00336 . ISSN 1549-9596 . PMID 26529120 .  
  27. ^ Рейкерс, Кристин; Шумахер, Фабиан; Майнл, Вальтер; Glatt, Hansruedi; Клейзер, Буркхард; Вольбер, Герхард (01.01.2016). «In Silico Прогнозирование активности человеческой сульфотрансферазы 1E1 на основе фармакофоров на основе моделирования молекулярной динамики» . Журнал биологической химии . 291 (1): 58–71. DOI : 10.1074 / jbc.M115.685610 . ISSN 0021-9258 . PMC 4697188 . PMID 26542807 .   
  28. ^ Видер, Маркус; Перриконе, Уго; Бореш, Стефан; Зайдель, Томас; Лангер, Тьерри (12 февраля 2016 г.). «Оценка стабильности характеристик фармакофоров с использованием моделирования молекулярной динамики». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 470 (3): 685–689. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2016.01.081 . PMID 26785387 . 
  29. ^ Malle, E .; Фуртмюллер, PG; Sattler, W .; Обингер, К. (2007). «Миелопероксидаза: цель для разработки новых лекарств?» . Британский журнал фармакологии . 152 : 838–854. DOI : 10.1038 / sj.bjp.0707358 . PMC 2078229 . 
  30. ^ Баррека, ML; De Luca, L .; Iraci, N .; Rao, A .; Ferro, S .; Maga, G .; Чимирри, А (2007). "Идентификация фармакофоров на основе структуры новых химических каркасов в качестве ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы". J. Chem. Инф. Модель . 47 (2): 557–562. DOI : 10.1021 / ci600320q . PMID 17274611 . 
  31. ^ Steindl, T. M; Schuster, D .; Wolber, G .; Laggner, C .; Лангер, Т. (2007). «Высокопроизводительное моделирование фармакофоров на основе структуры как основа для успешного параллельного виртуального скрининга». J. Comput.-Aided Mol. Des . 20 (12): 703–715. DOI : 10.1007 / s10822-006-9066-у .
  32. ^ Steindl, T. M; Шустер, Лаггнер; Chuang, K .; Hoffmann, R .; Лангер, Т. (2007). «Параллельный скрининг и профилирование активности с моделями фармакофоров ингибиторов протеазы ВИЧ». J. Chem. Инф. Модель . 47 (2): 563–571. DOI : 10.1021 / ci600321m .
  33. ^ Шустер, D .; Laggner, C .; Steindl, TM; Лангер, Т. (2006). «Разработка и проверка профилографа in silico P450 на основе фармакофорных моделей». Curr. Drug Discov. Technol . 3 (1): 1–48. DOI : 10.2174 / 157016306776637609 .
  34. ^ Кроват, ЭМ; Fruhwirth, KH; Лангер, Т. (2005). «Идентификация фармакофоров, скрининг in Silico и дизайн виртуальной библиотеки для ингибиторов человеческого фактора Ха». J. Chem. Инф. Модель . 45 (1): 146–159. DOI : 10.1021 / ci049778k .