Джефф Джонсон родился в Миннеаполисе, («свободный» для некоторых его коллег) уехал в 20 лет, проводя время в Филадельфии и Нью-Йорке, и работал с такими джазовыми музыкантами, как Филли Джо Джонс , Чарли Роуз , Барни Кессель , Чет Бейкер , Лью. Табакин , Эдди Дэниелс , Джоэнн Брекин , Джулиан Пристер , Билли Харт , Джордж Кейблс , Бад Шэнк , Клаудио Родитти и Майкл Вулф . Среди вокалистов, которых сопровождал Джонсон, - Джей Клейтон , Эрнестина Андерсон , Кэррин Эллисон , Марк Мерфи , Ребекка Пэррис , Энни Росс и Марлена Шоу .
Среди выдающихся соратников Джонсона - пианистки Джессика Уильямс , начинавшая работать в Сиэтле в 1991 году, и Хэл Гальпер , после того, как они встретились на джазовом фестивале в Порт-Таунсенде в 1993 году.
Сейчас он возглавляет различные небольшие ансамбли, сочиняет музыку и часто путешествует с концертными проектами и записями по всему миру.