Metascape — это бесплатный ресурс для аннотаций и анализа генов, который помогает биологам разобраться в одном или нескольких списках генов. Metascape предоставляет инструменты автоматизированного метаанализа для понимания общих или уникальных путей и белковых сетей в группе ортогональных исследований по обнаружению мишеней.
В эпоху «OMIC» важно получить биологическую информацию о списке генов. Хотя для этой цели существует ряд источников биоинформатики, таких как DAVID , не все они бесплатны, просты в использовании и хорошо поддерживаются. Для анализа нескольких списков генов, полученных в результате ортогональных, но дополняющих друг друга исследований «OMIC», инструменты часто требуют вычислительных навыков, недоступных многим биологам. Согласно блогу Metascape, [1] группа ученых самоорганизовалась для решения этой проблемы. В команду входят основные члены Инъяо Чжоу, Бинь Чжоу, Ларс Паче, Макс Чанг, Кристофер Беннер и Сумит Чанда, а также другие участники .со временем. Впервые Metascape был выпущен в виде бета-версии 8 октября 2015 г. Первое приложение Metascape было опубликовано 9 декабря 2015 г. [2] С тех пор Metascape претерпел несколько выпусков. В настоящее время он поддерживает ключевые модельные организмы, анализ обогащения путей, сеть белковых взаимодействий и анализ компонентов, автоматическое представление результатов в виде готового к публикации веб-отчета, презентаций Excel и PowerPoint.
Статья под названием «Metascape предоставляет ориентированный на биологов ресурс для анализа наборов данных на системном уровне» была опубликована 3 апреля 2019 года в Nature Communications. [3]
Metascape интегрировала более 40 баз знаний по биоинформатике в удобный пользовательский интерфейс, где биологи-экспериментаторы могут использовать функцию экспресс-анализа одним щелчком мыши, чтобы превратить несколько списков генов в интерпретируемые результаты.
Все результаты анализа представлены в веб-отчете, который содержит таблицы аннотаций и дополнений Excel , слайды PowerPoint и пользовательские файлы анализа (например, файл .cys от Cytoscape , .svg от Circos ) для дальнейшего автономного анализа или обработки.
Одной заметной силой Metascape является его способность визуализации. Metascape помог в интерпретации 2600 опубликованных исследований по состоянию на декабрь 2021 г. [4] , среди которых 2/3 публикаций использовали графики или листы, подготовленные Metascape.