Во вселенной Василиска есть три основные группы персонажей: Ниндзя Кога, Ниндзя Ига и другие, связанные с сёгуном. Во втором сезоне The Ōka Ninja Scrolls представлен ряд новых персонажей.
Кога специализируются на скрытности и убийствах с помощью методов, которые по большей части основаны на уловках. Даже способности, предназначенные для битвы, такие как Додзюцу Генносукэ, обычно носят защитный характер. Во втором сезоне The Ōka Ninja Scrolls представлен ряд новых персонажей.
Генносукэ Кога (甲賀 弦之介Кога Генносукэ) наследник Кога Данджоу, который принимает на себя руководство кланом после смерти своего деда. Идеалист и ученый, который верит в то, что нужно смотреть в будущее, а не подчиняться прошлому, Генносукэ считает погоню за любой обидой абсолютно бессмысленной и саморазрушительной практикой. Он придерживается своих идеалов даже после того, как узнал об освобождении от перемирия Хаттори, что побудило его возглавить Когу в экспедиции в Сунпу, чтобы умолять бывшего сёгуна Иэясу и Хаттори Ханзо восстановить договор, прежде чем произойдет дальнейшее кровопролитие. Тем не менее, несмотря на то, что он миролюбивый человек, если его загнать в угол, Генносукэ более чем способен убить любого, кто угрожает ему или членам его клана. В дополнение к своему мастерству владения мечом, Генносукэ обладает силой, передаваемой по его родословной, называемой Додзюцу. Техника гипноза, Додзюцу дает Генносукэ возможность обратить вспять намерение убить любого, кто встречает его взгляд, напрямую эффективно заставляя их убить себя, а не его. Из-за своей силы Ига уравнивает игровое поле, временно ослепляя Генносукэ той же мазью Семи дней тьмы, которую Оборо использовала на себе.
До возобновления конфликта Генносукэ стремился положить конец вражде между кланами, женившись на принцессе Ига Оборо, которую он очень любил. Его чувства к ней остаются, даже несмотря на то, что количество убитых среди обоих кланов растет, наполняя его мучениями, когда он изо всех сил пытается примирить свои личные чувства с обязанностью, возлагаемой на него как на лидера своего клана. В аниме Генносукэ носит с собой флейту, на которой он часто играет для Оборо и которая символизирует их надежду на мирное объединение кланов.
В конце концов, не в силах избежать столкновения с Оборо, Генносукэ смиряется с тем, что позволяет ей убить его. Вместо этого Оборо убивает себя, после чего Генносукэ пишет в свитке, что последним выжившим человеком был Оборо, прежде чем присоединиться к ней в смерти.
Кагеро (陽炎Кагеро) чрезвычайно привлекательная женщина, а также опытный боец (она носит шикомидзуэ в своей трости и отлично владеет сюрикендзюцу). Чувственность Кагеро - ее самое смертоносное оружие, поскольку ее дыхание становится ядовитым, когда она сексуально возбуждена, способность, переданная ее матерью. Она глубоко и безумно любит своего начальника и кузена Когу Генносукэ. Но из-за чувств Генносукэ к Оборо и ее собственной техники она не может быть с ним ни эмоционально, ни физически; в результате измученный человек, наполненный завистью и горечью. Любимая мишень Кагеро для ее разочарований - Оборо, и она была одним из самых ярых противников ее брака с Генносукэ, быстро принижая и критикуя Оборо при каждом удобном случае. Захвачен Тензеном после попытки убийства Оборо. Кагеро замучили на грани смерти. В свои последние минуты, чувствуя, что Кога обречены на поражение и желая пойти на смерть с тем, кого она любит, Кагеро пытается убить Генносукэ, но Оборо останавливает ее, используя свою глазную технику.