Файл кристаллографической информации (CIF) - это стандартный текстовый формат файла для представления кристаллографической информации, опубликованный Международным союзом кристаллографии (IUCr). CIF был разработан Рабочей группой IUCr по кристаллографической информации при финансовой поддержке Комиссии IUCr по кристаллографическим данным и Комиссии IUCr по журналам. Формат файла был первоначально опубликован Холлом, Алленом и Брауном [1] и с тех пор был пересмотрен, самые последние версии 1.1 и 2.0. [2] Полные спецификации формата доступны на сайте IUCr. Многие компьютерные программы для молекулярного просмотра совместимы с этим форматом, включая Jmol .
Расширение имени файла | .cif |
---|---|
Тип интернет-СМИ | химический / x-cif |
Тип формата | формат химического файла |
Расширен с | Самоопределение текстового архива и поиска |
Расширен до | ммCIF |
Веб-сайт | www |
Расширение имени файла | .cif |
---|---|
Тип интернет-СМИ | химический / x-mmcif |
Тип формата | формат химического файла |
Расширен с | Кристаллографический информационный файл |
Веб-сайт | mmcif |
Близко к нему относится mmCIF , макромолекулярный CIF [3], который предназначен в качестве альтернативы формату банка данных белка (PDB) . Теперь это формат по умолчанию, используемый в Protein Data Bank . [4]
Также тесно связана структура кристаллографической информации , более широкая система протоколов обмена, основанная на словарях данных и реляционных правилах, выражаемых в различных машиночитаемых проявлениях, включая, помимо прочего, файл кристаллографической информации и XML .
Рекомендации
- Перейти ↑ Hall SR, Allen FH, Brown ID (1991). «Файл кристаллографической информации (CIF): новый стандартный архивный файл для кристаллографии» . Acta Crystallographica Раздел A . 47 (6): 655–685. DOI : 10.1107 / S010876739101067X .
- ^ Brown ID, McMahon B (2002). «CIF: компьютерный язык кристаллографии» . Acta Crystallographica Раздел B Структурные науки . 58 (Pt 3 Pt 1): 317–24. DOI : 10.1107 / s0108768102003464 . PMID 12037350 .
- ^ Борн, ЧП; Берман, HM; МакМахон, B; Watenpaugh, KD; Вестбрук, JD; Фитцджеральд П.М. (1997). "Файл макромолекулярной кристаллографической информации". Методы в энзимологии . 277 : 571–90. DOI : 10.1016 / s0076-6879 (97) 77032-0 . PMID 18488325 .
- ^ Адамс, PD; Афонин П.В. Баскаран, К; Берман, HM; Беррисфорд, Дж; Bricogne, G; Браун, Д.Г.; Берли, СК; Чен, М; Feng, Z; Фленсбург, К; Гутманас, А; Hoch, JC; Икегава, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Курису, G; Лян, Y; Либшнер, Д; Мак, Л; Markley, JL; Мориарти, Северо-Запад; Муршудов, Г.Н.; Благородный, M; Peisach, E; Персикова, я; Пун, Б.К .; Соболев, О.В.; Ульрих, EL; Веланкар, S; Vonrhein, C; Вестбрук, Дж; Войдыр, М; Йокочи, М. Янг, JY (1 апреля 2019 г.). «Объявление об обязательной отправке файлов формата PDBx / mmCIF для кристаллографических осаждений в Банк данных белков (PDB)» . Acta Crystallographica Раздел D . 75 (Pt 4): 451–454. DOI : 10.1107 / S2059798319004522 . PMC 6465986 . PMID 30988261 .