В молекулярной биологии MobiDB [1] [2] [3] представляет собой курируемую биологическую базу данных , предназначенную для предоставления централизованного ресурса для аннотаций внутреннего нарушения белков. Белковое расстройство — это структурная особенность, характеризующая большое количество белков с заметными членами, известными как внутренне неструктурированные (или неупорядоченные) белки . База данных имеет три уровня аннотаций: вручную отобранные, косвенные и прогнозируемые. Объединяя различные источники данных о белковых расстройствах в согласованную аннотацию, MobiDB стремится дать наилучшую возможную картину «ландшафта расстройств» данного интересующего белка.
Кураторские данные для MobiDB получены из базы данных DisProt [4] с информацией и аннотациями о беспорядке, извлеченными вручную из литературы. Чтобы дополнить аннотацию беспорядка, MobiDB предлагает дополнительные аннотации из внешних источников:
За последнее десятилетие было подготовлено большое количество предикторов расстройств, связанных с внутренними белками . Большинство из них обучены имитировать природу ранее описанных аннотаций. Поскольку MobiDB в настоящее время охватывает полный набор последовательностей UniProt, включенные предикторы должны быть чрезвычайно быстрыми. Десять включенных в настоящее время предикторов (ESpritz в трех вариантах, IUPred в двух вариантах, DisEMBL в двух вариантах, GlobPlot, VSL2b и JRONN) позволяют MobiDB предоставлять аннотации нарушений для каждого белка, даже если нет доступных контролируемых или косвенных данных.
Чтобы предоставить наилучшую возможную аннотацию для данного белка, MobiDB объединяет все свои источники данных в согласованную аннотацию. Эта аннотация отличается от аннотаций, принадлежащих самим источникам, тем, что имеет третье состояние, помимо «структурированного» и «неупорядоченного»: когда два авторитетных источника расходятся во мнениях, она отображает регион как «неоднозначный». С имеющимися в настоящее время аннотациями этот конфликт возникает, когда вручную выбранный источник аннотирует определенную область как неупорядоченную, но для этой же области доступна структура PDB.
Веб-сайт MobiDB предоставляет пользователям интерфейс для поиска по идентификатору UniProt, имени белка или произвольному тексту. После отправки пользователям предоставляется список белков, каждый из которых аннотирован информацией о расстройстве, интегрированной из различных источников, включая консенсусное предсказание расстройства.
Веб-сервер MobiDB предоставляет некоторые конечные точки RESTful , обеспечивающие программный доступ к MobiDB и извлечение различных типов данных. Доступные маршруты GET обеспечивают доступ к данным UniProt, STRING, Pfam и расстройствам в формате JSON .