В молекулярной биологии база данных PRINTS представляет собой набор так называемых «отпечатков пальцев»: [1] [2] она предоставляет как подробный ресурс аннотаций для семейств белков , так и диагностический инструмент для вновь определенных последовательностей. Отпечаток пальца - это группа консервативных мотивов, взятых из множественного выравнивания последовательностей.- вместе мотивы образуют характерную сигнатуру для выровненного семейства белков. Сами мотивы не обязательно являются смежными в последовательности, но могут объединяться в трехмерном пространстве для определения участков связывания молекул или поверхностей взаимодействия. Особая диагностическая сила отпечатков пальцев заключается в их способности различать различия в последовательностях на уровне клана, надсемейства, семьи и подсемейства. Это позволяет проводить точную функциональную диагностику не охарактеризованных последовательностей, позволяя, например, различать членов семейства на основе лигандов, которые они связывают, или белков, с которыми они взаимодействуют, и выделять потенциальные олигомеризационные или аллостерические сайты.
PRINTS является партнером-основателем интегрированного ресурса InterPro , широко используемой базы данных семейств белков, доменов и функциональных сайтов.
Ссылки [ править ]
- ^ Аттвуд, ТЗ ; Bradley, P .; Цветок, DR; Gaulton, A .; Maudling, N .; Mitchell, AL; Moulton, G .; Nordle, A .; Paine, K .; Taylor, P .; Уддин, А .; Зигури, К. (2003). «ОТПЕЧАТКИ и их автоматические дополнения, препринты» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 400–402. DOI : 10.1093 / NAR / gkg030 . PMC 165477 . PMID 12520033 .
- ^ Scordis, P .; Цветок, DR; Аттвуд, Т.К. (1999). «FingerPRINTScan: интеллектуальный поиск в базе данных PRINTS» . Биоинформатика . 15 (10): 799–806. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 15.10.799 . PMID 10705433 .
Внешние ссылки [ править ]
- База данных PRINTS (Образовательный и исследовательский центр в области биоинформатики Манчестерского университета)
