Protein информационный ресурс ( PIR ), расположенный в Georgetown University Medical Center (GUMC), является интегрированным общественных биоинформатикой ресурсов для поддержки геномных и Протеомических исследований, а также научно - studies.It содержит белковые последовательности баз данных [1] [2] [3] [ 4] [5] [6] [7]
История
PIR был основан в 1984 году Национальным фондом биомедицинских исследований (NBRF) как ресурс, помогающий исследователям и клиентам в идентификации и интерпретации информации о последовательности белков . До этого NBRF составил первую исчерпывающую коллекцию макромолекулярных последовательностей в Атласе последовательности и структуры белков, опубликованном с 1964 по 1974 год под редакцией Маргарет Дейхофф . Дайхофф и ее исследовательская группа были первыми в разработке компьютерных методов для сравнения последовательностей белков, для обнаружения отдаленно связанных последовательностей и дупликаций внутри последовательностей, а также для вывода эволюционных историй на основе выравнивания последовательностей белков. [8]
Вайнона Баркер и Роберт Ледли взяли на себя руководство проектом после смерти Дейхоффа в 1983 году. В 1999 году Кэти Х. Ву присоединилась к NBRF, а затем к GUMC, чтобы возглавить деятельность PIR в области биоинформатики, и сначала выполняла функции главного исследователя с 2001 г. на должности директора. [ необходима цитата ]
На протяжении четырех десятилетий PIR предоставляет множество баз данных белков и инструментов анализа, свободно доступных для научного сообщества, включая базу данных последовательностей белков (PSD), первую международную базу данных (см. PIR-International), которая выросла из Атласа последовательностей и структуры белков. . [ необходима цитата ]
В 2002 году PIR - вместе со своими международными партнерами EBI ( Европейский институт биоинформатики ) и SIB ( Швейцарский институт биоинформатики ) - получили грант от NIH на создание UniProt , единой всемирной базы данных последовательностей и функций белков, путем объединения PIR. -PSD, Swiss-Prot и TrEMBL базы данных. По состоянию на 2010 г.[Обновить], PIR предлагает широкий спектр ресурсов, в основном ориентированных на содействие распространению и стандартизации аннотации белков: PIRSF, [9] iProClass и iProLINK.
Protein Ontology (PRO) - еще одна популярная база данных, выпущенная Protein Information Resource. [10] [11]
Рекомендации
- ^ http://pir.georgetown.edu/ Архивировано 12 марта 2014 г. наофициальном веб-сайте Wayback Machine ПИР Джорджтаунского университета.
- ^ Ву, Кэти; Неберт, Дэниел В. (2004). «Обновленная информация о завершении генома и аннотациях: Ресурс информации о белках» . Геномика человека . 1 (3): 229–33. DOI : 10.1186 / 1479-7364-1-3-229 . PMC 3525084 . PMID 15588483 .
- ^ Ву, CH (2003). «Ресурс информации о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 345–347. DOI : 10.1093 / NAR / gkg040 . PMC 165487 . PMID 12520019 .
- ^ Wu, CH; Хуанг, Н; Армински, Л; Кастро-Альвеар, Дж; Чен, Y; Ху, ZZ; Ледли, РС; Льюис, KC; Mewes, HW; Оркатт, Британская Колумбия; Suzek, BE; Цугита, А; Винаяка, CR; Да, LS; Чжан, Дж; Баркер, WC (01.01.2002). «Ресурс информации о белках: интегрированный общедоступный ресурс функциональной аннотации белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 35–37. DOI : 10.1093 / NAR / 30.1.35 . ISSN 1362-4962 . PMC 99125 . PMID 11752247 .
- ^ Баркер, WC; Гаравелли, JS; Hou, Z .; Huang, H .; Ледли, РС; МакГарви, ПБ; Mewes, HW; Оркатт, Британская Колумбия; Pfeiffer, F .; Цугита, А .; Винаяка, CR; Xiao, C .; Да, LS; Ву, К. (2001). «Ресурс информации о белках: ресурс сообщества для экспертной аннотации данных о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 29–32. DOI : 10.1093 / NAR / 29.1.29 . PMC 29802 . PMID 11125041 .
- ^ Баркер, WC (2000). «Ресурс белковой информации (PIR)» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 41–44. DOI : 10.1093 / NAR / 28.1.41 . PMC 102418 . PMID 10592177 .
- ^ Джордж, DG; Додсон, Р.Дж.; Гаравелли, JS; Хафт, DH; Хант, LT; Marzec, CR; Оркатт, Британская Колумбия; Сидман, К.Е.; Шринивасарао, штат Джорджия; Ага, L.-SL; Армински, Л. М.; Ледли, РС; Цугита, А .; Баркер, WC (1997). "Ресурс информации о белках (PIR) и Международная база данных последовательностей белков" . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (1): 24–27. DOI : 10.1093 / NAR / 25.1.24 . PMC 146415 . PMID 9016497 .
- ^ Изет, М (2016). «Самые влиятельные ученые в развитии медицинской информатики (13): Маргарет Белль Дейхофф». Acta Inform Med . 24 (4).
- ^ Wu, CH; Никольская, А .; Huang, H .; Да, LS; Натале, Д.А.; Винаяка, CR; Ху, ZZ; Mazumder, R .; Kumar, S .; Kourtesis, P .; Ледли, РС; Suzek, BE; Армински, Л .; Chen, Y .; Zhang, J .; Карденас, JL; Chung, S .; Castro-Alvear, J .; Динков, Г .; Баркер, WC (2004). «PIRSF: Система классификации семейств на информационном ресурсе о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (90001): 112D – 114. DOI : 10.1093 / NAR / gkh097 . PMC 308831 . PMID 14681371 .
- ^ "GeorgeTown.edu - Белковая онтология" . Архивировано из оригинала на 2011-03-10 . Проверено 4 декабря 2017 .
- ^ Chicco, Davide; Массероли, Марко (2019). «Биологические и медицинские онтологии: белковая онтология (PRO)». Энциклопедия биоинформатики и вычислительной биологии . С. 832–837. DOI : 10.1016 / B978-0-12-809633-8.20396-8 . ISBN 9780128114322.