Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Сходство Матрица белков ( SIMAP ) представляет собой базу данных о белковых сходств , созданных с использованием распределенных вычислительных . [1] [2] Он находится в свободном доступе для научных целей. SIMAP использует алгоритм FASTA для предварительного расчета сходства белков, в то время как другое приложение использует скрытые модели Маркова для поиска доменов белков . SIMAP - это совместный проект Мюнхенского технического университета , Helmholtz Zentrum München и Венского университета .

Проект [ править ]

В начале каждого месяца в проекте обычно появляются новые рабочие единицы. Совсем недавно (2010) включение экологических последовательностей в базу данных потребовало более длительных периодов активности, например, нескольких месяцев непрерывной работы. Обычно эти обновления производятся дважды в год. [ необходима цитата ]

В четвертом квартале 2010 года проект переехал в Венский университет из- за неисправности электрической инфраструктуры в Техническом университете Мюнхена. Часть этого упражнения включала создание URL-адреса для конкретного проекта, требующего от существующих добровольцев и пользователей отсоединения / повторного подключения к проекту.

30 мая 2014 года администраторы проекта объявили, что после 10-летней истории SIMAP покинет BOINC к концу 2014 года. Однако исследование SIMAP будет продолжаться с использованием локального оборудования, состоящего из «обычных мульти-устройств» -ядерные процессоры (несколько сотен), обрабатывающие версию алгоритма Смита-Уотермана, оптимизированную для SSE ".

Вычислительная платформа [ править ]

SIMAP использовала платформу распределенных вычислений Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) .

Примечания по производительности приложения. Время ЦП рабочего блока варьировалось от 15 минут до 3 часов. Размер рабочих единиц варьировался от 1,5 до 2,2 МБ каждая, в среднем около 2 МБ. SIMAP предоставила клиентское программное обеспечение, оптимизированное для процессоров с поддержкой SSE и процессоров x86-64 . Для более старых процессоров предусмотрены приложения, отличные от SSE, но они требуют ручной установки. Операционные системы, поддерживаемые SIMAP, - это Linux , Windows , Mac OS , Android и другие платформы UNIX. Поскольку база данных иногда пополнялась всеми общеизвестными последовательностями белков и метагеномами Поскольку проект был предварительно рассчитан, доступная работа состояла из недавно опубликованных последовательностей белков и метагеномов, которые необходимо было предварительно рассчитать для SIMAP.

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Арнольд, Р .; Rattei, T .; Tischler, P .; Truong, M.-D .; Stümpflen, V .; Мьюз, HW (2005). «SIMAP - Матрица подобия белков» . Биоинформатика . 21 (Дополнение 2): ii42 – ii46. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bti1107 . ISSN  1367-4803 . PMID  16204123 .
  2. ^ Rattei, T .; Arnold, R .; Tischler, P .; Lindner, D .; Stümpflen, V .; Мьюз, HW (2006). «SIMAP: матрица подобия белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): D252 – D256. DOI : 10.1093 / NAR / gkj106 . ISSN 0305-1048 . PMC 1347468 . PMID 16381858 .   

Внешние ссылки [ править ]

  • Сайт SIMAP