Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Тандемное проскальзывание 2 тРНК на скользкой последовательности вируса саркомы Рауса. После сдвига рамки считывания новые пары оснований правильны в первом и втором нуклеотидах, но неверны в положении вобуляции. Обозначены участки E , P и A рибосомы. Расположение растущей полипептидной цепи не указано на изображении, поскольку еще не существует единого мнения о том, происходит ли проскальзывание -1 до или после того, как полипептид переносится с тРНК P-сайта на тРНК A-сайта (в данном случае от тРНК Asn к тРНК Leu тРНК). [1]

Последовательность скользкой представляет собой небольшой участок кодоны нуклеотидных последовательностей (обычно UUUAAAC) , который контролирует скорость и шанс на рибосомальную frameshifting . Скользкая последовательность вызывает более быстрый перенос рибосомы, что, в свою очередь, может вызвать «проскальзывание» считывающей рибосомы. Это позволяет тРНК сдвигаться на 1 основание (-1) после того, как она спарилась со своим антикодоном, изменяя рамку считывания. [2] [3] [4] [5] [6] Сдвиг кадра -1, запускаемый такой последовательностью, является запрограммированным сдвигом кадра -1 рибосомой . За ним следует спейсерная область и вторичная структура РНК. Такие последовательности обычны в полипротеинах вирусов .[1]

Сдвиг рамки происходит из-за сопряжения вобуляции. Свободная энергия Гиббса вторичных структур ниже по потоку дает намек на то, как часто происходит сдвиг рамки. [7] Напряжение на молекуле мРНК также играет роль. [8] Список «скользких» последовательностей, обнаруженных в вирусах животных, доступен у Huang et al. [9]

Скользкие последовательности, которые вызывают сдвиг на 2 основания (сдвиг кадра на 2), были сконструированы из последовательности HIV UUUUUUA. [8]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (ноябрь 1988 г.). «Сигналы для рибосомного сдвига рамки в области gag-pol вируса саркомы Рауса» . Cell . 55 (3): 447–58. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (88) 90031-1 . PMC  7133365 . PMID  2846182 . S2CID  25672863 .
  2. ↑ Green L, Kim CH, Bustamante C, Tinoco I (январь 2008 г.). «Характеристика механического разворачивания псевдоузлов РНК» . Журнал молекулярной биологии . 375 (2): 511–28. DOI : 10.1016 / j.jmb.2007.05.058 . PMC 7094456 . PMID 18021801 .  
  3. ^ Ю. CH, Noteborn MH, Olsthoorn RC (декабрь 2010). «Стимуляция рибосомного сдвига рамки с помощью антисмысловой LNA» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (22): 8277–83. DOI : 10.1093 / NAR / gkq650 . PMC 3001050 . PMID 20693527 .  
  4. ^ "Описание исследования доктора Яна Брайерли" . Кафедра патологии Кембриджского университета . Архивировано из оригинала на 2013-10-02 . Проверено 28 июля 2013 .
  5. ^ «Молекулярная биология: сдвиг кадров происходит на скользких участках» . Molecularstudy.blogspot.com. 2012-10-16 . Проверено 28 июля 2013 .
  6. ^ Farabaugh PJ, Бьорк GR (март 1999). «Как точность перевода влияет на поддержание рамки считывания» . Журнал EMBO . 18 (6): 1427–34. DOI : 10.1093 / emboj / 18.6.1427 . PMC 1171232 . PMID 10075915 .  
  7. Перейти ↑ Cao S, Chen SJ (март 2008 г.). «Прогнозирование эффективности рибосомного сдвига рамки» . Физическая биология . 5 (1): 016002. Bibcode : 2008PhBio ... 5a6002C . DOI : 10.1088 / 1478-3975 / 5/1/016002 . PMC 2442619 . PMID 18367782 .  
  8. ^ а б Лин Z, Гилберт RJ, Бриерли I (сентябрь 2012 г.). «Зависимость от длины спейсера запрограммированного сдвига рамки -1 или -2 рибосомы на гептамере U6A поддерживает роль натяжения матричной РНК (мРНК) в сдвиге рамки» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (17): 8674–89. DOI : 10.1093 / NAR / gks629 . PMC 3458567 . PMID 22743270 .  
  9. Перейти ↑ Huang X, Cheng Q, Du Z (2013). «Полногеномный анализ псевдоузлов РНК, которые стимулируют эффективный сдвиг рамки считывания или считывание -1 рибосомы в вирусах животных» . BioMed Research International . 2013 : 984028. дои : 10,1155 / 2013/984028 . PMC 3835772 . PMID 24298557 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Псевдобаза
  • Перекодировать
  • Frameshifting, + Ribosomal в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
  • Wise2 - выравнивает белок относительно последовательности ДНК , позволяя сдвиг рамки считывания и интроны
  • FastY - сравнение последовательности ДНК с базой данных последовательностей белков , с учетом пропусков и сдвигов рамки
  • Путь - инструмент, сравнивающий два белка сдвига рамки ( принцип обратного перевода )
  • Recode2 - База данных перекодированных генов, включая те, которые требуют запрограммированного трансляционного сдвига рамки.
  • Страница для элемента стимуляции изменения кадра коронавируса в Rfam