До того, как была построена церковь Святой Екатерины, здесь располагалась доминиканская церковь 14 века. [1] Когда иезуиты прибыли в Загреб в начале 17 века, они подумали, что первоначальная церковь слишком ветхая и неадекватная, и начали строить новую церковь. Строительство началось в 1620 году и было завершено в 1632 году . [2] Рядом с церковью был построен монастырь, но сейчас на этом месте находится художественная галерея Кловичеви двори .
Церковь Святой Екатерины дважды в истории становилась жертвой пожара: один раз в 1645 году и еще раз в 1674 году, опустошив интерьер. Церковь была переоборудована с помощью богатой хорватской знати, а взамен им было разрешено выставить свой фамильный герб или иметь честь быть похороненным или захороненным в церкви.
После упразднения иезуитов церковь Святой Екатерины стала частью прихода Святого Марка в 1793 году. С 1874 года церковь Святой Екатерины является коллегиальной церковью .
Церковь сильно пострадала от землетрясения 1880 года . После 6 месяцев ремонта в ноябре 1881 г. он был повторно освящен [3] .