Музей был создан в 1941 году [1] Правительством Башкортостана . Ленин посетил Уфу дважды, в феврале и июне 1900 года. Во время второго визита его жена сняла в Уфе дом с мезонином на углу улиц Жандармской (ныне Крупской) и Тюремной (ныне Достоевского), где Ленин прожил почти три недели. . В память об этом пребывании Ленина в Уфе было решено организовать музей.
Сообщалось, что с момента передачи музея администрации города Уфы музей оказался под угрозой закрытия в 2015 году. [2] [3] [4]