Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

VectorBase [1] [2] - один из пяти центров ресурсов по биоинформатике (BRC), финансируемых Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), входящим в состав Национальных институтов здравоохранения (NIH), который является агентством Министерство здравоохранения и социальных служб США . VectorBase ориентирована на беспозвоночных-переносчиков патогенных микроорганизмов человека, работающих с центрами секвенирования и исследовательским сообществом, чтобы курировать векторные геномы (в основном аннотации генома ).

Геномы, включенные в базу данных VectorBase [ править ]

Инструменты, доступные на сайте VectorBase [ править ]

  • Браузер генома
  • Система аннотаций сообщества
  • Репозиторий микрочипов и экспрессии генов
  • Контролируемые словари по анатомии [5], устойчивости к инсектицидам и трансмиссивным болезням (малярия и лихорадка денге)
  • BLAST ищет все покрытые геномы

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Лоусон, D; Arensburger, P; Аткинсон, П; Бесанский, штат Нью-Джерси; Bruggner, RV; Батлер, Р. Кэмпбелл, Канзас; Christophides, GK; и другие. (2007). «VectorBase: дом беспозвоночных - переносчиков патогенов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Выпуск базы данных): D503–5. DOI : 10.1093 / NAR / gkl960 . PMC  1751530 . PMID  17145709 .
  2. ^ Лоусон, D; Arensburger, P; Аткинсон, П; Бесанский, штат Нью-Джерси; Bruggner, RV; Батлер, Р. Кэмпбелл, Канзас; Christophides, GK; и другие. (2009). «VectorBase: ресурс данных по геномике векторов беспозвоночных» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (выпуск базы данных): D583–7. DOI : 10.1093 / NAR / gkn857 . PMC 2686483 . PMID 19028744 .  
  3. ^ Нене, V; Wortman, JR; Лоусон, Д.; Хаас, В; Кодира, К; Tu, ZJ; Лофтус, Б; Xi, Z; и другие. (2007). «Последовательность генома Aedes aegypti, основного вектора арбовируса» . Наука . 316 (5832): 1718–23. Bibcode : 2007Sci ... 316.1718N . DOI : 10.1126 / science.1138878 . PMC 2868357 . PMID 17510324 .  
  4. ^ Холт, РА; Субраманиан, GM; Хальперн, А; Sutton, GG; Charlab, R; Nusskern, DR; Винкер, П; Clark, AG; и другие. (2002). «Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae». Наука . 298 (5591): 129–49. Bibcode : 2002Sci ... 298..129H . CiteSeerX 10.1.1.149.9058 . DOI : 10.1126 / science.1076181 . PMID 12364791 . S2CID 4512225 .   
  5. ^ Topalis, P; Цавлаки, Ц; Вестаки, К; Dialynas, E; Sonenshine, DE; Батлер, Р. Bruggner, RV; Стинсон, EO; и другие. (2008). «Анатомические онтологии комаров и клещей и их веб-браузеры в VectorBase». Молекулярная биология насекомых . 17 (1): 87–9. DOI : 10.1111 / j.1365-2583.2008.00781.x . PMID 18237287 . S2CID 8618269 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • vectorbase.org
  • Ресурсные центры по биоинформатике Страница NIAID с описанием целей и деятельности BRC
  • Сайт Pathogen Portal Hub для пяти BRC; предоставляет сводную информацию
Геномные браузеры VectorBase
  • Браузер генома Aedes aegypti на VectorBase
  • Браузер генома Anopheles gambiae на VectorBase
  • Браузер генома Culex quinquefasciatus в VectorBase
  • Браузер генома Ixodes scapularis в VectorBase
  • Обозреватель генома Pediculus humanus в VectorBase
  • Браузер генома Rhodnius prolixus в VectorBase