Влади́мир Нау́мович Агге́енко (Аге́енко) (1860—1907) — российский геоботаник, флорист и систематик растений XIX века, известный изучением флоры и растительности Крыма.
Родился 2 (14) сентября 1860 года в Санкт-Петербурге в семье врача, статского советника (позже — действительного статского советника[1]) Наума Никифоровича Аггенко (?—1899). Семья, в которой был ещё сын Александр, жила в доме № 16 на Большой Московской улице[2].
В 1880 году окончил с серебряной медалью 1-ю Санкт-Петербургскую гимназию. В 1880—1884 годах учился в Императорском Санкт-Петербургском университете у А. Н. Бекетова и В. В. Докучаева. Проводил ботанические исследования в Нижегородской (в 1883) и Псковской (в 1884) губерниях.
Был оставлен при университете и в 1885 году назначен консерватором Ботанического кабинета. В 1884—1886 годах преподавал практический курс ботаники на Высших женских курсах.
В 1888 году сдал экзамен на степень магистра ботаники. С 1891 года, после получения учёного звания магистра ботаники за сочинение «Флора Крыма» (Том 1), он был допущен к чтению лекций по кафедре ботаники Петербургского университета в качестве приват-доцента[3]. В 1897 году Аггеенко после успешной защиты докторской диссертации «Обзор растительности Крыма с топографической и флористической точки зрения» было присвоено учёное звание доктора ботаники. Преподавал в университете до 1907 года; читал курсы: «О приспособлениях растений» (1891—1892), «Биология цветковых растений» (1892—1907), «Специальная биология семейств цветковых растений» (1893—1898), «География растений» (1898—1907), «Специальная систематика цветковых растений» (1898—1907).
Также о преподавал в 5-й Петербургской гимназии, Елизаветинском институте и Морском кадетском корпусе[2].