Здание музея является памятником архитектуры, истории и культуры середины XIX века и расположено в здании бывшей горной лаборатории, в историческом центре Барнаула в Центральном районе. Адрес: улица Ползунова, 46.
Музей основан в 1823 году по инициативе Фридриха Геблера и Петра Фролова[1]. Музей создан в ознаменование 100-летия начала горнозаводского дела на Алтае. Здесь были выставлены экспонаты, собиравшиеся в Барнауле с XVIII века: этнографические материалы народов Сибири и Северной Америки, модели горных машин и механизмов, гербарий; существовала Горная библиотека.
В первой половине XIX века музей имел известность как научное учреждение и был закрытым для свободного посещения. С экспозициями знакомились Александр Гумбольдт (1829), Пётр Семенов-Тян-Шанский (1857), Альфред Брем (1876), Николай Ядринцев (1878). Коллекция «Древности из Сибири» была представлена на Московской антропологической выставке (1879) и была удостоена серебряной медали.
К концу XIX века Краеведческий музей ослабил своё научное значение, но в 1913—1915 годах фонды были объединены с коллекциями, собранными членами Общества любителей исследования Алтая. А в 1913 году Николай II подписал указ о передаче музею нового здания на улице Ползунова, которое ранее занимала главная химическая лаборатория округа. Реконструкцией помещения занимался архитектор И. Ф. Носович.
К 1918 году музейное собрание включало коллекции минералов, насекомых, почв, чучел птиц и животных, гербарий местной флоры, фотографии.
В 1920-е годы музей стал общедоступным, появился отдел истории советского периода. В последующие годы неоднократно менялись названия музея: Алтайский центральный советский музей; Алтайский губернский центральный советский музей; Алтайский государственный музей; Барнаульский окружной естественно-исторический музей.[2]