Исторические документы, в которых есть сведения о селе Аннополь, содержат упоминания князей Острожских Януша и Александра, и связанны с передачей в их владение в 1602 году села под названием Глинники. В 1761 село согласно с Магдебургским правом получило статус местечка, привилегии на проведение ярмарки и нынешнее свое название. Названо оно было в честь княжны Анны Сангушко-Ковельской (1739—1766) дочери маршалка великого литовского П. К. Сангушко. Она была женой князя Антония Барнабы Яблоновского (1732—1799), владельца на тот момент Аннополя. За время владения местечком, князь Яблоновский построил в предместье свой дворец[укр.] и разбил огромный парк. Им же была построена униатская церковь, предположительно в 1778 году [2][3].
С 1770-х годов Аннополь играл заметную роль в движении хасидизма. В местечке жили Дов-Бер из Межерича и его сын Авром «Га-Малах» («Ангел»), ставший впоследствии цадиком в Фастове, а также учился Шнеур Залман из Ляд. После смерти Дов-Бера в Аннополе поселился его ученик и последователь Мешуллам Зуся Аннопольский. Могилы Дов-Бера и Мешуллама Зуси, на разоренном в годы ВОВ еврейском кладбище, являются местом паломничества хасидов. Согласно с историческими данными, в 1784 году в Аннополе проживало 215 евреев, в 1847—1626, в 1897—1812 (82 %), в 1923—1008, в 1926—1278 (67,4 %), в 1931—1280 евреев.[4].
В результате второго раздела Речи Посполитой, в 1793 территория, на которой находилось местечко Аннополь, вошла в состав Российской империи.
В присутствии Великого князя, цесаревича Константи́на Па́вловича в 1820 году в Аннополе проводился смотр Литовского корпуса [2].
В 1821, после пожара Острожского монастыря, Стефан Романовский, епископ Волынский, избрал Аннополь своим местопребыванием и перенес сюда духовную православную семинарию [2]. "перемещена в м.Аннополь и находилась здесь в конюшнях князя Яблоновского, владельца Аннопольского, а в 1836 году была переведена в г. Кременец в полицейские здания"[5].