Аристобул был младшим сыном Александра Янная, политические и религиозные особенности которого он унаследовал, тогда как его старший брат, Гиркан II, был похож на мать. Хотя y него и не было прав на престол, однако Аристобул ещё при жизни матери постоянно домогался его. Он льстил партии знати и военных, выставляя себя заступником саддукеев и вступаясь за них перед царицей. Ряд укреплений, которые царица предоставила в распоряжение саддукеев, по-видимому, с целью их защиты против фарисеев, на деле оказались для Аристобула средством узурпировать власть. Царица решила отвлечь воинственный пыл сына от пределов Иудеи и отправила его (70—69) в поход против Птолемея Меннеи. Когда же это предприятие окончилось неудачей, Аристобул вновь принялся за политические интриги. Тайно покинул он Иерусалим и направился к своим друзьям, которые занимали в то время наибольшее число укрепленных пунктов страны, с ними он решил объявить войну своей престарелой матери. Царица, однако, умерла в самый критический момент, и тогда Аристобул немедленно обратил оружие против брата своего Гиркана, законного наследника престола.
Война окончилась победой Αристобула: после трехмесячного правления Гиркан должен был отречься в пользу брата, за что последний предоставил ему неограниченное пользование его доходами. Таким способом восстановленный мир продолжался — впрочем, короткое время. Антипатр уговорил Гиркана вовлечь в войну с Аристобулом набатейского царя Арету. Последний одержал победу над Αристобулом, которого покинули фарисеи — наиболее могущественная партия в Иерусалиме, которые перешли на сторону Гиркана, и Аристобул был принужден удалиться на Храмовую гору. Последовавшая за тем тяжёлая осада, о которой рассказываются разные вещи, не привела ни к каким положительным результатам.
Третья сторона — Рим — получила тогда приглашение разрешить этот сложный и спорный вопрос; вмешательство Рима оказалось не только гибельным для враждовавших братьев, но и привело в конце концов к уничтожению политической независимости Иудейского государства. К тому времени (65 год до н.э.) Помпей покорил уже почти всю Азию и послал своего легата Скавра в Сирию, чтобы овладеть там наследием Селевкидов. Делегаты обеих иудейских партий посетили Скавра, прося его о заступничестве. Взятка в 400 талантов (по другим, в 300), данная ему Αристобулом, склонила римлянина в пользу последнего. Арете было предложено немедленно снять осаду Храмовой горы. Таким образом, победа осталась на стороне Аристобула. Гиркан сохранил лишь незначительную долю своих средств. Его победоносному брату было даже суждено лично отомстить Арете: когда тот должен был удалиться со своими войсками из Иерусалима, Аристобул последовал за ним и нанес ему тяжкое поражение.