Бржетислав II принадлежал к роду Пржемысловичей, сын короля Чехии Вратислава II. Первое упоминание о нём относится к 1087 году, когда он неудачно возглавлял пограничный дозор против саксов. Вратислав II дал ему удел Градечко и, возможно, собирался обойти его в престолонаследии и сделать своим преемником первенца от брака со Светославой Польской Болеслава.
В конфликте между отцом и его братом Конрадом I Брненским Бржетислав поддержал дядю. Бржетислав убил княжеского советника Здирада, однако его армии все равно пришлось отступить во Вроцлав. Вскоре Конрад Брненский занял престол, а после смерти дяди в 1092 году, согласно тогдашним законам престолонаследия, чешский престол перешел к Бржетиславу.
Бржетислав отличался религиозным рвением. В 1094 году он запретил язычество, которое ещё имело распространение среди простолюдинов. Священные деревья и рощи были сожжены. Он преследовал не только язычников, но и клир, служивший на славянском языке, заменив его латинским обрядом; преследовал ведьм и языческих волхвов. Во время начавшегося в годы его правления Первого крестового похода Бржетислав II приказал насильно крестить пражских евреев, а в 1098 году конфисковал их имущество. Бржетислав пытался ограничить влияние империи на чешское государство, а также укрепить свою княжескую власть.
Во время правления Бржетислава имели место его вооружённые выступления против отдельных славянских племён, отказывавшихся платить налоги чешской казне. В 1093 году Бржетислав занял Силезию вплоть до Одера.
Согласно традиции, наследником чешского трона после смерти Бржетислава должен был стать сын Конрада I, Ольдржих. Однако Бржетислав на Пасху 1099 года сумел убедить императора Генриха IV в том, что правильнее было бы отдать чешскую корону Борживою, брату Бржетислава. После возвращения из Германии Бржетислав изгнал Ольдржиха из принадлежавшей тому Моравии и отдал её Борживою. Потомки Конрада Брненского бежали из страны, а Ота I Оломоуцкий, Святополк Оломоуцкий и Ота II Чёрный заявили о лояльности к Бржетиславу.
Бржетислав II был убит во время выезда на охоту ударом копья в спину. Согласно некоторым сведениям, убийца был подослан представителями рода Вршовцев, враждовавшего с Пржемысловичами.