Валаа́мский музе́й-запове́дник — первоначально государственный музей, впоследствии некоммерческая организация, расположенная на островах Валаамского архипелага, учреждённая для сохранения архитектурно-ландшафтного комплекса островов, а также для хранения и экспозиции коллекции произведений живописи, графики, декоративно-прикладного искусства, материалов по истории Валаамского Спасо-Преображенского мужского монастыря.
На островах Валаамского архипелага располагается Спасо-Преображенский мужской монастырь, один из значительных центров православия на севере России. Период расцвета монастыря пришёлся на середину XIX — начало XX вв., когда монастырь располагал развитым хозяйством, мастерскими, фермой, садами, питомником древесных культур, судоходными каналами, соединяющими систему озёр, и др. В 1917 году Финляндия обрела независимость и Валаамские острова оказались в её составе. В период советско-финляндской войны 1939—1940 гг. валаамские монахи эвакуировались в глубь Финляндии и неподалёку от Хейнявеси основали Ново-Валаамский монастырь. В новый монастырь и музей церковного искусства в г. Куопио попала значительная часть библиотеки, архивов, колокола, иконы и другие ценности, вывезенные из Валаамского монастыря[1].
В 1979 году на островах Валаама, уже имеющих к тому моменту статус природного заказника, для сохранения архитектурно-ландшафтного комплекса Валаамского Спасо-Преображенского монастыря постановлением Совета Министров РСФСР от 28.08.1979 г. № 437[2] был учреждён государственный музей-заповедник, филиал Карельского краеведческого музея. Было проведено зонирование территории архипелага с выделением зон строгой заповедности, рекреационной, хозяйственной, охраняемой акватории. Органично вписанные в живописный природный ландшафт сооружения Валаамского монастыря (Спасо-Преображенский собор, корпуса келий, гостиниц) и скитов, построенные в «русском стиле» (архитектор А. М. Горностаев и др.), получили статус объектов культурного наследия.
В 1984 году «Валаамский государственный историко-архитектурный и природный музей-заповедник» выходит из состава Карельского государственного краеведческого музея[3].
К моменту возобновления деятельности Спасо-Преображенского монастыря в 1989 году, в фондах музея-заповедника находилось около 13 тыс. единиц хранения, в том числе археологические находки, этнографические и природоведческие коллекции, собрание посвящённых Валааму произведений живописи и графики современных художников[1].
В 1992 году постановлением Совета Министров Карельской АССР музей-заповедник ликвидирован и создано товарищество с ограниченной ответственностью «Валаамский научно-исследовательский церковно-археологический и природный музей-заповедник», при этом часть фондовой коллекции была передана в созданный Региональный музей Северного Приладожья (г. Сортавала)[4].