Первое письменное упоминание о городе Вернигероде встречается в документах 1121 года, когда граф Адальберт из Хаймара под Хильдесхаймом выбрал место для своей резиденции. Одновременно он начал строить низинную крепость — предшественник нынешнего замка. Этимология названия города ясна не до конца. Корень Wernige может иметь как германское, так и западнославянское происхождение. Окончание –reuth, -roth, -rode, -rade происходит от слова Rod, Rodung, что означает «вырубка (леса)», т.е. город был возведён в густой лесистой местности.
В 1229 году «Конрад, Бертольд, Гебхард и Бурхард, божьей милостью графы славянского города "Верный"» предоставляют посёлку право города, на манер того, что существовало в недалёком Госларе.
В 1277 году встречается первое упоминание об «игорном доме» (будущем Доме советов), месте для развлечений и судов. Спустя два года горожане выкупают у графов городские укрепления за 70 фунтов серебром.
1429 — умирает последний мужской представитель Вернигеродских графов, графство переходит во владение графов фон Штольберг, таким образом основана новая линия — Штольберг-Вернигероде. Население живёт в это время от добычи меди, серебра, кобальта и железной руды, а также охоты и лесничества.
1714 — графство Вернигероде включается в государство Бранденбург-Пруссия. Производство в XVII — XVIII столетии ограничено переработкой сельхозпродуктов, в конце XVIII века осуществляется переход к мануфактурам.
1847 — Пожар уничтожает городской квартал — Хинтерштрассе, Миттельштрассе, Хайдештрассе. Уцелели лишь десять домов, среди них — старейший дом в городе, Хинтерштрассе 48, построен около 1400. Ущерб от пожара — 100 000 талеров.