Они несут ответственность за защиту территориальных вод Эстонии. В кризисной ситуации флот должен быть готов защитить подступы к Эстонии с моря, акватории портов, морские коммуникации и сотрудничать с другими родами войск видов вооружённых сил. Командующим ВМС ВС Эстонии на 2013 год является капитан Стен Сеппер[1]. По состоянию на 2011 год, численность ВМC Эстонии составляла около 300 человек[2].
Первые формирования ВМС Эстонии — Отдел ВМС штаба вооружённых сил Эстонии и батальон ВМС, были образованы 28 февраля 1918 года и прекратили свою деятельность в связи с начавшейся в том же месяце оккупацией Эстонии германской армией, продолжавшейся до ноября 1918 года.
В ноябре 1918 года Союз обороны Эстонии (эст. Kaitseliit — «Ка́йтселийт»), состоявший из добровольцев, начал организацию защиты морских границ молодой республики. Командующим ВМС был назначен Йохан Питка, начальником штаба — Герман Зальца. Командование занялось приёмом в эксплуатацию портов и другого берегового имущества[3].
13 ноября 1918 года в состав от Германского флота был получен первый сторожевой корабль, получивший название «Лайне» (эст. Laine — «Волна», бывший Лаутербах). Первым боевым кораблём эстонского флота стала канонерская лодка с мощным артиллерийским вооружением «Лембит» (эст. «Lembit»), бывшая российская канлодка «Бобр»[3], переименованная в честь эстонского старейшины Лембиту, возглавившего в 1211 году борьбу племён эстов против вторгшегося на эстонские земли немецкого Братства воинов Христа (Ордена меченосцев). 23 декабря 1918 года «Лембит» под командованием мичмана Яана Клаара был готов к выходу в море[3].
В конце декабря 1918 года эскадренные миноносцы Советского Балтийского флота «Спартак» и «Автроил» были захвачены английскими кораблями неподалёку от Ревеля. Их доставили в Таллин и передали Эстонии. Под именами «Леннук» и «Вамбола» они вошли в состав флота Эстонии[4] и прослужили в эстонском флоте несколько лет, после чего были проданы Перу[5].
31 января 1919 года из кораблей Чудского озера, отбитых у белогвардейцев и приведенных в ходовое состояние, был образован дивизион, командиром которого стал мичман Александр Вунк[6].