Высшая лига КВН существует с 1986 года, когда КВН возродился на телевидении, и является главной лигой Клуба. Чемпион Высшей лиги считается чемпионом всего клуба. В жюри сидят известные люди: актёры, шоумены, режиссёры, писатели, музыканты, спортсмены, предприниматели. Все игры до 2021 года (включительно) вёл Александр Масляков (в первом сезоне — совместно с другими ведущими), в сезоне 2022 года он вёл лишь две игры, а в сезоне 2023 года — ни одной. С 2022 года игры ведут разные ведущие. Игры Высшей лиги транслируются на Первом канале в России и в странах ближнего и дальнего зарубежья (в некоторых странах лигу транслируют и другие, местные каналы). Редакторы Высшей лиги: чемпион клуба 2006 года — Сангаджи Тарбаев (РУДН), вице-чемпион сезона 1986/1987 — Михаил Марфин (МХТИ)[1], а также редактор структуры лиг Москвы и Подмосковья Олег Валенцов (команда КВН «Энергия Москвы»).
Игры Высшей лиги проходили в актовом зале МИСИ до того, как в 1988 году была сыграна первая игра в Московском дворце молодёжи. В 2002-м Высшая лига была вынуждена переехать в Театр Российской армии[2]. С 15 января 2012 года в управление КВН перешёл кинотеатр «Гавана»[3]. Открытие нового комплекса, названного «ММЦ „Планета КВН“», произошло 1 апреля 2013 года. Зал используется Высшей лигой для проведения Спецпроектов, игр на «Кубок Мэра Москвы». В 2022 году в «ММЦ „Планета КВН“» также прошли 6 игр Высшей лиги (три игры 1/8-финала и три четвертьфинала).
Сезон Высшей лиги начинается в феврале или в марте с игр 1/8-й финала, ближе к лету проходят четвертьфиналы, осенью играются полуфиналы, а финал лиги проходит в декабре, перед Новым годом.
В двух первых сезонах играли шесть команд, которые были разделены на три пары. Победители проходили в полуфинал, а проигравшие команды играли утешительную игру, победитель которой тоже проходил в полуфинал. Далее следовали два полуфинала и финал. В первом сезоне финал был не в декабре, а в июне. Во втором сезоне было решено совместить КВНовский год с календарным и поэтому сезон 1987/1988 длился полтора года.
В 1989 году КВН было предоставлено только пять эфиров, поэтому была разработана новая схема: в первой игре соревнуются сразу десять команд, из которых шесть проходят в полуфиналы, а в финале играют три команды.
В 1990 году в Высшую лигу взяли восемь команд, которых поделили на четыре пары (из-за отказа команды ЛПИ четвертьфиналов в итоге было три), подобная схема была использована и в сезоне 1991. В сезоне 1992 количество команд впервые увеличилось до 12-ти.