Сезон прошёл по схеме, принятой в 2011 году, но с одним изменением: после двух полуфиналов играется третий — утешительный. Таким образом этот сезон установил новый рекорд по количеству игр — их в нём было 11. Утешительный полуфинал прошёл по схеме, аналогичной игре 2009 года, когда в рамках Спецпроекта за выход в финал сыграли проигравшие в полуфиналах команды.
В сезоне участвовали девять новых команд, среди которых выпускники Первой лиги; пять команд-финалистов Премьер-лиги[1], включая чемпиона — «Сборную Физтеха»; и команда «Одесские мансы», попавшая в Высшую лигу напрямую из Краснодарской лиги[2]. Среди одиннадцати «ветеранов» три команды сыграли свой четвёртый сезон в Высшей лиге, это — Сборная Чеченской республики, сборная Днепропетровской области «Днепр» и команда МГИМО «Парапапарам». В сезон также решили пойти вице-чемпионы «ГородЪ ПятигорскЪ», несмотря на то, что, как и МГИМО, и читинская команда «Гураны», в разных интервью заявляли, что сезон 2012 для них — последний[3][4][5]. Пятигорчане стали первыми, кто после двух финалов Высшей лиги подряд не пропустил сезон.
Также в сезон 2013 были приглашены вице-чемпионы Высшей лиги 2012 — «Факультет журналистики» и бронзовые медалисты — «Раисы»[6]; «Сборная Камызякского края по КВНу», дошедшая в предыдущем сезоне до полуфинала; и четвертьфиналисты — «КемБридж» и «Ананас». После одного пропущенного сезона в Высшую лигу вернулись дважды полуфиналисты — «Кефир».
Перед сезоном, на фестивале «КиВиН 2013» в Сочи, две команды Высшей лиги представили новых участников. Команда «Ананас» усилилась актёрами Дарьей Чепасовой и Владимиром Фёдоровым из челябинского «Бомонда» (прекратившего своё существование). Тем временем, за команду «Кефир» выступала Евгения Фреймане из «Рижских готов». Свой новый проект представила и Сборная БГУ, к которой присоединились три участника предыдущей команды «Минское море»: Дмитрий Крепчук, Станислав Сырский и Алёна Корниенко. В команде «Раисы» тоже появилась новая актриса — Ксения Корнева из команды КВН «Бюст Ленина».
В сезоне 2013 впервые в Высшей лиге сыграла команда КВН из Кыргызстана, после того как бишкекская «Азия MIX» стала чемпионом Первой лиги в Минске, и по итогам фестиваля в Сочи была приглашена в главную лигу Клуба[7]. Кроме команды из Бишкека, в 2013 году впервые в играх Высшей лиги приняли участие команды из Сургута, Ростова-на-Дону и Долгопрудного[8]. Также, сезон 2013 был первым за десять лет, в котором Москву представляла только одна команда.