За более чем полуторавековой период её деятельности 19 Генерал-аудиторов находились при высшем государственном органе военного управления либо возглавляли Аудиторское ведомство. Все они, без исключения, оставили заметный след в становлении аудиторского дела в России. Первым русским Генерал-аудитором при Военной канцелярии был Иван Васильевич Кикин.
С образованием Военной коллегии генерал-аудиторами при ней последовательно назначались Федор Центаров, Василий Чистюнин, Михаил Макаров, Матвей Дмитриев-Мамонов, Илья Плюсков, Ларион Украинцев, Егор Наумов, Захар Корнеев, Василий Волков и Алексей Кобылинский.
Возглавляли Аудиторское ведомство в разное время генерал от инфантерии И. А. Шаховской, генерал-лейтенант С. И. Салагов, генерал-майор С. Ф. Панов, действительный тайный советник И. С. Булычев, тайный советник И. М. Милованов, тайный советник А. И. Ноинский, действительный тайный советник И. Д. Якобсон и тайный советник В. Д. Философов.
Состоял на службе генерал-аудитором-лейтенантом будущий знаменитый генералиссимус А. В. Суворов. Помощник другого полководца М. И. Кутузова генерал-лейтенант С. И. Маевский, являясь аудитором корпуса, храбро сражался в войне 1805 г., кампании 1806—1807 гг., русско-турецкой и Отечественной войнах. Профессор Я. А. Неелов после окончания Санкт-Петербургского университета начал службу аудитором в корпусе жандармов, а затем дорога его привела в большую науку. Став крупным ученым, получил признание как выдающийся криминалист.
В 60-70-х годах XIX вв. под руководством главы государства и при непосредственном участии военного министра генерал-фельдмаршала Д. А. Милютина и Генерал-аудитора тайного советника В. Д. Философова была проведена военно-судебная реформа, по своим масштабам и глубине не имевшая аналогов с петровских времен. Её результаты привели к усовершенствованию всей военно-юридической службы русской армии, зарождению нового военного суда, основанного на началах гласности и состязательности; военных прокуроров, как наиболее эффективного института для надзора за исполнением законов при отправлении правосудия.
Аудиторский департамент в порядке военно-судебной реформы преобразовывается в Главное военно-судное управление, которое на правах правопреемника становится центральным учреждением нового Военно-судебного ведомства.