Ген-кандидат — ген, который может быть связан с проявлением сложного признака либо с возникновением заболевания.
Ряд методов даёт возможность выявить участки хромосом, ассоциированные с той или иной болезнью, генные чипы (технология microarray[англ.]) позволяют сузить диапазон поиска, а знание функций белка, кодируемого ге́ном, и другие свидетельства, позволяют строить предположения о его возможной роли в патологическом процессе и влиянии на фенотип организма.
При изучении сложных заболеваний с неясной этиологией, например, шизофрении и болезни Альцгеймера, в списки кандидатов зачастую попадают десятки генов.
Поиск генов-кандидатов и их дальнейшее использование в выявлении генетических ассоциаций[англ.] являются также неотъемлемой частью генетических исследований в других областях биологии и на сельскохозяйственных видах[2][3].