Деревня Головково расположена на севере Московской области, в северо-западной части округа, на реке Истре, неподалёку от Ленинградского шоссе, примерно в 6 км к северо-западу от центра города Солнечногорска. Рядом с деревней находится платформа Головково Октябрьской железной дороги.
Название деревни, предположительно, произошло от некалендарного личного имени Головко[9]. Многие жители села были ямщиками и занимались обслуживанием дороги Москва — Петербург. В 1852—1864 годах на средства жителей села была построена новая каменная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Церковь относится к стилю классицизм, автор проекта — архитектор М. Д. Быковский[10].
В XIX веке село Головково входило в состав Давыдковской волости Клинского уезда. В 1899 году в селе проживало 569 человек, было земское училище[11].
С 2005 до 2019 гг. деревня включалась в Смирновское сельское поселение Солнечногорского муниципального района[14]. Один из двенадцати волнистых клиньев, изображённых на гербе и флаге сельского поселения, символизирует деревню Головково, как входившую в число крупных населённых пунктов муниципального образования[15].
С 2019 года деревня входит в городской округ Солнечногорск[16], в рамках администрации которого относится с территориальному управлению Смирновское[17].