Гони́дии лиша́йников (от греч. γόνος — рождение, потомство и греч. ίδιον — уменьшительный суффикс) — зелёные или синезелёные одноклеточные водоросли, входящие в состав тела лишайников.
Прежде гонидии в лишайниках принимались за их органы бесполого размножения, образующиеся на концах ветвей гиф (С. Швенденер, 1863). Но после работы А. С. Фаминцына (1867) и О. В. Баранецкого, доказавших, что гонидии лишайников способны жить отдельно и производить зооспоры, подобно водорослям, Швенденер отказался от своего мнения, выяснив окончательно, что гонидии суть не что иное, как водоросли, живущие в сожительстве (симбиозе) с грибами (через что и возникает организм лишайника). Удалось разъединить гриб и водоросль и вырастить их порознь; с другой стороны, оказалось возможным искусственно соединить их и таким путём получить нормальное тело лишайника. Гонидиями являются зелёные (Chlorophyceae) или синезелёные водоросли (Cyanophyceae, Phycochromaceae), и притом чаще низшие, более просто организованные представители этих групп.
Несколько примеров, на основании которых можно получить представление, какие именно водоросли в качестве гонидий могут входить в состав лишайников: