Основным законом страны является Дейтонская конституция (принята согласно Дейтонским соглашениям в ноябре 1995 года). Она основана на принципах равенства и отсутствия дискриминации, на международной системе защиты прав человека. В то же время она сохраняет систему «составляющих народов», унаследованную от бывшей Югославии. Конституция государства делегирует большинство власти двум составным частям федерации (так называемым энтите́там, серб. ентитет, босн. и хорв. entitet), каждый из которых имеет собственную конституцию. Республика Сербская, где проживает большинство сербов, имеет централизованную государственную администрацию, в то время как Федерация Боснии и Герцеговины, где проживает большинство боснийцев и хорватов, децентрализована и делится на десять кантонов, каждый из которых имеет свою конституцию, законодательное собрание, правительство и бюрократию. С начала существования независимой БиГ значительную политическую, военную и судебную власть в стране имеют некоторые международные объединения.
Дейтонские соглашения успешно положили конец боевым действиям в БиГ. Но им не удалось создать стабильный фундамент для эффективного государственного строительства, поскольку соглашения учредили очень слабое центральное правительство, передав большинство власти в руки двух энтитетов. Политические структуры, разработанные в Дейтонской конституции согласно этническим границам, иногда обвиняют в том, что они усиливают национальное разделение в Боснии.
Многие представители народов, которым предстояло жить на территории БиГ, восприняли Дейтонское соглашение критически[1]. Ряд сербов считает, что по итогам войны они потерпели поражение, так как районы близ Сараево, традиционно населённые сербами, были переданы под юрисдикцию мусульманского руководства. На сербских территориях, между Сараево и крупным мусульманским анклавом Горажде, был проведён «мусульманский коридор». Два городка в Западной Боснии (Мрконич-Град и Шипово), вошедшие в Республику Сербскую, сербы достойной компенсацией за Сараево и территориальную разобщённость не сочли. Боснийцы же не приветствуют вхождение городов Зворник, Фоча, Вышеград, Рогатица, Сребреница, где было совершено преступление против боснийцев, и т. д., в сербскую территорию. Не были учтены сербские предложения относительно названия нового государства, избирательной процедуры, функционирования органов власти на время переходного периода.
Две трети мест во всех этих учреждениях, кроме Конституционного суда, отдано представителям хорватов и боснийцев; треть — сербов. Представительство иных народов не предусмотрено.