Большая часть истории евреев в Нидерландах охватывает период между концом XVI века и Второй мировой войной.
Регион, известный в настоящее время как Нидерланды, был частью испанской империи, а в 1581 году северные провинции Нидерландов объявили независимость. Основным мотивом было желание исповедовать протестантство, запрещённое в Испании. Так, религиозная терпимость стала эффективным и важным элементом конституции нового независимого государства. Это, безусловно, привлекло евреев, которые во многих странах страдали от преследований из-за своей религии. В особенности это касалось евреев Испании и Португалии — сефардов. Они бежали от испанской инквизиции, поставившей их перед выбором: принять христианство или уехать из страны. Большинство евреев уехали в Северную Америку или в Османскую империю. Небольшая группа направилась на север, вначале в основном в Антверпен, а к концу XVI века евреи стали поселяться в Амстердаме, образовав к 1700 году самую большую общину в Западной Европе (10 тыс. человек). Сефардов и сегодня можно отличить по фамилиям: Перейра, Кардозо, Нунес, Де Пинто и Вас Диас.
О проживании евреев в провинции Холланд до 1593 года ничего не известно. Тем не менее, в некоторых источниках упоминается присутствие евреев в других провинциях Нидерландов в более ранний период, что было связано с их изгнанием из Франции в 1321 году и гонениями на евреев в провинциях Эно и Рейн. Присутствие первых евреев в провинции Гелдерланд зафиксировано в 1325 году. Евреи также поселились в Наймейхене (старейшее поселение), Дусбурге, Зютфене и Арнеме (в 1404 году). В 1349 году император Священной Римской империи Людовик IV поручил герцогу Гельдерна принять евреев в своём княжестве. Они заплатили налоги и находились под защитой закона. На суде в Арнеме, где упоминается врач-еврей, судья выступил в защиту евреев от враждебности местного населения. Дата поселения евреев в провинции Утрехт неизвестна, однако из записей раввинов в отношении кашрута следует, что еврейская община появилась там во времена Священной Римской империи. В 1444 году евреи были изгнаны из города Утрехт, но в деревне Маарссен, в двух часах от Утрехта, к ним сохраняли терпимость. Их положение было крайне нелёгким. До 1789 года евреям было запрещено ночевать в Утрехте, по этой причине община Маарссена в этот период стала одной из важнейших для евреев Нидерландов. В провинцию Зейланд евреи были допущены герцогом Баварии Альбертом.
Известно о погроме, совершённом на территории Нидерландов в период Средневековья. После того, как в 1348 году разразилась эпидемия чумы, евреев обвинили в том, что они якобы отравили водоёмы и колодцы, из-за чего и появилась эта болезнь. Вследствие этого в 1349 году были заживо сожжены все евреи, живущие в окрестностях реки Эйссел и в городах Арнем, Наймейхен и Утрехт.