Епархия Энкарнасьона (исп. Diócesis oder Obispado de Encarnación, лат. Dioecesis Sanctissimae Incarnationis) — епархия Римско-Католической церкви c центром в городе Энкарнасьон, Парагвай. Распространяет свою юрисдикцию на департамент Итапуа. Входит в митрополию Асунсьона. Кафедральным собором епархии является церковь Пресвятой Девы Марии Воскресения.
21 января 1957 года Папа Римский Пий XII издал буллу «Dum insano», которой учредил территориальную прелатуру Энкарнасьона и Альто-Параны, выделив её из епархий Консепсьона и Вильяррики. 25 марта 1968 года территориальная прелатура Энкарнасьона и Альто-Параны передала часть своей территории для образования новой территориальной прелатуры Альто-Параны (сегодня — епархия Сьюдад-дель-Эсте).
19 апреля 1990 года Папа Римский Иоанн Павел II издал буллу «Crevisse iam», которой преобразовал территориальную прелатуру Энкарнасьона в епархию.