Индонезия — крупнейшее в мире островное государство, занимающее бо́льшую часть Малайского архипелага. Протяжённость страны с запада на восток — 5120 км, с севера на юг — 1760 км. Через архипелаг или южнее него проходят основные морские пути из Индийского океана в Тихий. Официальная статистика насчитывает в Индонезии 17 804 острова; из них населённых около 6000, 7870 поименованных и 9634 безымянных. Индонезия включает в себя 5 основных островов, 2 крупных (Малые Зондские и Молуккские острова) и 30 небольших архипелагов. Самые крупные острова — Новая Гвинея, Калимантан (Борнео), Суматра, Сулавеси (Целебес) и Ява. Остальные острова имеют гораздо меньшую площадь. Страна лежит по обе стороны от экватора. Архипелаг разделяет Тихий и Индийский океаны.
Общая протяжённость сухопутной границы 2830 км, из них с Малайзией — 1782 км, с Папуа — Новой Гвинеей — 820 км, с Восточным Тимором — 228 км. Береговая линия: 54 716 км. Самая высокая точка Индонезии — гора Джая (4884 м), вторая по высоте — гора Мандала (4760 м).
Суматра, Ява, Мадура и Калимантан лежат на Зондском шельфе, и географы обычно группируют их (с Сулавеси) в архипелаг Больших Зондских островов. Восточная оконечность Индонезии, а это — западная часть острова Новая Гвинея, — лежит на Сахульском шельфе. Глубина моря на Зондском и Сахульском шельфах в среднем 200 метров и менее. Между двумя этими шельфами лежат Сулавеси, Малые Зондские острова и Молуккские острова, образующие вторую группу островов, где глубина окружающих морей в некоторых местах достигает 4500 метров.
Малые Зондские острова состоят из двух островных дуг, простирающихся на восток от Бали к Новой Гвинее. Внутренняя дуга является продолжением цепи гор и вулканов, протянувшейся от Суматры через Яву, Бали и Флорес и заканчивающейся на вулканических островах Банда. Внешняя дуга архипелага является геологическим продолжением цепи островов к западу от Суматры, которая включает Ниас, Ментавай и Энгано. Она вновь поднимается в Малых Зондских островах гористыми островами Сумба и Тимор.
Молуккские острова геологически самые сложные среди индонезийских островов. Они расположены в северо-восточной части архипелага, гранича с Филиппинами на севере, Новой Гвинеей на востоке, и Малыми Зондскими островами на юге. Крупнейшие из них — Хальмахера, Серам и Буру, каждый из которых круто поднимается с очень большой глубины. Этот резко выраженный переход рельефа от моря к высокогорью означает существование лишь немногих прибрежных равнин.