Институт астрофизики Академии наук Республики Таджикистан (ИА АН РТ) — был основан в 1958 году на базе Таджикской астрономической обсерватории (1948—1958 годы — Сталинабадская астрономическая обсерватория), созданной в 1932 году. В 2002 году в Институте было 60 сотрудников, 30 из которых научно-технический персонал. В советское время институт носил название Институт астрофизики Академии наук Таджикской ССР.
В 1932 году была основана Таджикская астрономическая обсерватория (ТАО). Данное событие произошло после прибытия ленинградских астрономов: С. Г. Натансона, Д. О. Мохнача, Б. В. Окунева, А. В. Маркова. Основана ТАО была в Душанбе 13 ноября 1932 года. Главное здание обсерватории было построено в 1936 году. Основными научными задачами для обсерватории были: изучение переменных звезд, метеоров, комет и астроклимата Таджикистана для подборки места для более крупной обсерватории. Первичная материальная база была поставлена из Ленинградского университета и Пулковской обсерватории. В 1941 году обсерватория была включена в состав Таджикского филиала АН СССР. С 1948 года, в связи с переименованием города Душанбе на Сталинобад обсерватория называется Сталинабадской астрономической обсерваторией (САО). В 1958 году на базе обсерватории основан Институт астрофизики Академии Наук Республики Таджикистан. За два года до этого была основана новая наблюдательная станция, в 14 км к Ю-З от Душанбе — Гиссарская обсерватория. А в 1980 году была завершена постройка обсерватории Санглок (в 90 км южнее Душанбе). У института есть третья наблюдательная станция: Памирская высокогорная обсерватория «Солнечный астрономический наземный комплекс Памир» («САНКП»). Наиболее важным событием в истории обсерватории после распада СССР явился договор, подписанный в 2006 году с Институтом прикладной математики им. М. В. Келдыша Российской Академии Наук о взаимном сотрудничестве и работе в рамках проекта ISON (бывший ПулКОН). С 2007 года на Гиссаре на АЗТ-8 возобновились регулярные наблюдения по совместной программе с ПулКОНом.