Институт биохимии и физиологии микроорганизмов (ИБФМ) — научно-исследовательский институт Российской академии наук, занимающийся исследованием структуры и функций микроорганизмов.
Институт биохимии и физиологии микроорганизмов был основан в июне 1965 года решением Президиума Академии Наук СССР в составе Отделения биохимии, биофизики и химии физиологически активных соединений, как один из институтов строящегося в те годы в городе Пущино Московской области Научного центра биологических исследований Академии наук СССР. Первая исследовательская программа Института была сформулирована в 1963 году.
В Институте были созданы лаборатории, сыгравшие важную роль в становлении и развитии отечественной микробиологии и биотехнологии. Руководство этими лабораториями и отдельными направлениями осуществляли и осуществляют ученые, имеющие мировое признание: Н. Д. Иерусалимский, Г. К. Скрябин, А. А. Баев, Л. В. Калакуцкий, А. М. Боронин, И. С. Кулаев и др. С их именами связаны крупные вехи развития биохимии, микробиологии, молекулярной биологии и биотехнологии в нашей стране.
Первым директором Института был Н. Д. Иерусалимский (в 1965—1967 годах), затем академик Г. К. Скрябин (в 1968—1988 годах), который являлся выдающимся ученым в области общей и промышленной микробиологии, биохимии микроорганизмов.
Особое место в этом ряду занимает академик А. А. Баев, который являлся руководителем исследований, направленных на создание новых, полезных для практики микроорганизмов — вирусных антигенов, ферментных и гормональных препаратов.
В мае 1990 года в институте работало 760 человек, в их числе научных сотрудников — 247 человек, из них: членов-корреспондентов Академии Наук СССР — 2 человека; докторов наук — 14 человек; кандидатов наук — 135 человек. Институт включал 4 научно-исследовательских отдела, в состав которых входило: 4 основные лаборатории, опытно-технологическая установка, установка нестандартных процессов культивирования микроорганизмов, 14 отдельных лабораторий, установка лабораторных ферментёров, патентный отдел, отдел международного научно-технического сотрудничества, центр вычислительной техники.