Примерно с I по VII век н. э. на территории нынешнего Сальвадора жили племена майя, а затем туда пришли многочисленные родо-племенные объединения индейцев науа юта-ацтекской языковой семьи. Культура науа попала под влияние майя, в результате чего образовалась гибридная культура пипилей, создавшая государство Кускатлан. К приходу испанцев у пипилей уже были достаточно дифференцирированные социальные классы: знать, торговцы, ремесленники, плебеи, рабы.
В 1524 году конкистадор Педро де Альварадо, сподвижник завоевателя Мексики Эрнандо Кортеса, вторгся на эту территорию. В 1525 году основан город Сан-Сальвадор. Но лишь к 1528 испанцам удалось закрепиться здесь, а к 1540-м годам подавить сопротивление индейцев нахуа.
Основой экономики Сальвадора в колониальную эпоху было земледелие. До середины XIX века колония специализировалась на экспорте индиго и какао.
В 1811 году, после начала войны испанских колоний за независимость была предпринята первая попытка повозглашения независимости от Испании, но она была быстро подавлена колониальными войсками. (5 ноября в Сан-Сальвадоре (испанское генерал-капитанство Гватемала) священник Хосе Матиас Дельгадо в полночь ударил в набат в церкви Мерсед и призвал население не признавать власть короля Испании (Клич из Мерсед). После этого Мануэль Хосе Арсе провозгласил независимость провинции Сан-Сальвадор[1]. 3 декабря в Сан-Сальвадор прибыли представители генерал-капитана Гватемалы. В ходе переговоров они добились возвращения Сальвадора под юрисдикцию Испании[1].)
В 1821 году испанские колонии в Центральной Америке объявили независимость, но уже в 1822 году были включены в состав Мексиканской империи.
В 1823—1838 году Сальвадор входил в Соединённые Провинции Центральной Америки, куда также входили Никарагуа, Гондурас, Гватемала и Коста-Рика. 31 марта 1840 года Сальвадор, оставаясь последней провинцией в составе Федерации, расторг федеративный договор.