Казачий приказ упоминается в записных книгах с 1618 года по 1646 год[1], по другим источникам упоминается с 1613[2] (1628) года по 1646 год. Возможно был создан польско-шведскими оккупантами России или Михаилом Фёдоровичем Романовым.
Не позднее апреля 1613 г. был создан особый Казачий приказ, или Казачий разряд, во главе которого встали незнатный дворянин И. А. Колтовский и дьяк Матвей Сомов, служивший в 1607 г. у «царевича Петра», а позднее — у Лжедмитрия II и считавшийся, вероятно, поэтому «специалистом» по казачеству. Казачий приказ ведал личным составом «вольных» казаков, их обеспечением, в том числе распределением приставств, верстанием казаков поместными и денежными окладами. Параллельно с Казачьим приказом некоторые из этих функций исполнял Челобитный приказ, основной обязанностью которого было рассмотрение челобитных, поданных лично царю.
Приказ заведовал атаманами, сотниками, есаулами (ведал привилегированной частью казаков[2]) и всем вообще казачьим войском, то есть кормовым и беломестным, служившим в коннице и пехоте как в Москве, так и в других городах России. Донские казаки периодически получая деньги из Москвы, не хотели подчинятся этому Приказу, так как они имели и судились (управлялись), в своих органах власти (Казачий круг) на местах.