После военной службы Кайзер изучал египтологию в Мюнхенском университете. В 1954 году получил степень доктора философии, после чего работал ассистентом в Гейдельбергском университете. С 1962 года являлся директором Египетского музея Берлина в Западном Берлине. В 1967—1989 годах являлся первым директором каирского отделения Германского археологического института, где 22 года своей жизни посвятил реконструкции.
С 1984 года член-корреспондент Баварской академии наук, с 1991 года — член-корреспондент Академии в Гёттингене. Сотрудник Германского и Австрийского археологических институтов, а также Каирской библиотеки. Награждён орденом «За заслуги перед Федеративной Республикой Германия».
Кайзер был известен как исследователь додинастической истории Египта, ему принадлежат многочисленные труды в области хронологии этого периода древнеегипетской истории. Как археолог Кайзер известен многими находками в дельте Нила, а также на острове Элефантина. Кроме того, в сферу его интересов входила история культуры и городская архитектура.