В настоящее время среди караимов Литвы доминирует тюркская теория их происхождения, в соответствии с которой они являются потомками тюркских племён Хазарского каганата, принявших караимизм — основанное на Танахе / Ветхом Завете вероучение, называемое также "иудаизмом караимского толка".
Во время существования великого княжества Литовского и Королевства Польского караимы подвергались той же участи, что и евреи-раввинисты. Так, в апреле 1495 г. они были изгнаны из Литвы великим князём Александром и были приняты в Польше братом Александра, королём Яном-Альбрехтом. В 1503 г. все литовские евреи, а с ними и караимы, были возвращены тем же Александром, ставшим между тем и польским королём, причем как тем, так и другим было возвращено конфискованное при изгнании имущество.[6]
Некоторые трокские караимы известны в области науки (Исаак Трокский) и культуры. Свирепствовавшая в Литве в 1710 чума унесла жизнь многих караимов. Тракай оставался административным и духовным центром караимской общины Литвы. В 1863 году начало действовать Трокское караимское духовное правление во главе с гахамом. Под его юрисдикцией находились караимские общины Луцка, Поневежа, Трок, Вильны, Пскова, Смоленска и Острова[7]. По данным Первой всеобщей переписи населения Российской Империи 1897 года в Виленской губернии проживало 576 караимов, в Ковенской — 203[8].
В Вильне в 1913—1914 выходил журнал на русском языке «Караимское слово», в межвоенные годы — журнал на польском языке «Myśl Karaimska» («Караимская мысль», 1924—1939). В 1932 в Вильно основано «Общество любителей истории и культуры караимов». В 1934—1939 годах караимское общество Паневежиса выпустило три номера журнала «Onarmach» ("Прогресс") на караимском языке.
В советское время караимская кенасса в Вильнюсе, построенная в 1911, была национализирована (1949). В здании располагались различные учреждения, в частности, архив службы геодезии, и жилые помещения. Кенасса в Паневежисе была разрушена (1970). Единственной действующей кенассой Литвы и Советского Союза, после закрытия кенассы в Галиче в середине 60-х годов, была кенасса в г. Тракае, службы в которой проводились только по праздникам.
В 1988 было создано Общество культуры караимов Литвы. В Тракай состоялся первый Международный съезд караимов 1989. Караимская религиозная община законом «О религиозных общинах и сообществах» причислена к девяти традиционно существующим в Литве религиозным общинам, составляющим часть исторического, духовного и социального наследия. Караимской общине предоставлены права юридического лица и возвращена кенасса в Вильнюсе; реставрирована и вновь освящена в 1993.