Карл Теодор Баварский (нем. Carl Theodor in Bayern; 9 августа 1839[1], Поссенхофен[вд], Штарнберг — 30 ноября 1909[1], Кройт, Мисбах[2]) — герцог (не правящий принц) Баварский, представитель боковой ветви правящей династии Виттельсбахов.
Сын герцога Максимилиана Иосифа и Людовики Баварской, брат императрицы Сисси. Стал наследным герцогом в 1860 году после того, как его старший брат Людвиг Вильгельм вступил в морганатический брак с актрисой Генриеттой Мендель.
В 1865 году Карл Теодор женился на своей кузине Софии, принцессе Саксонской (1845—1867), дочери короля Иоганна I. У супругов родилась дочь:
Был офицером баварской армии, участвовал в сражениях Австро-Прусской (1866) и Франко-прусской (1870) войн.
Учился в Мюнхенском университете, где изучал философию, право, экономику и медицину. Среди его учителей были физик Филипп Жолли и химик Юстус Либих. В 1872 году он получил от университета звание почетного доктора медицины. Затем Карл Теодор продолжил своё образование, изучая офтальмологию в Вене и Цюрихе. Опечаленный смертью своей жены и войнами, он, к неудовольствию своей семьи, покинул армию и стал доктором, а через некоторое время и успешным окулистом.
В 1874 году Карл Теодор вступил во второй брак с Марией Жозефой, инфантой Португальской (1857—1943), дочерью свергнутого короля Мигеля. В этом браке родились: