Polytan Ку́бок Футбо́льной национа́льной ли́ги 2016 года — пятый розыгрыш Кубка ФНЛ, который проходил с 14 по 23 февраля 2016 года на Кипре. Обладателем кубка стал оренбургский «Газовик».
Отказались от участия в турнире финишировавшие в числе первых 16-ти по итогам первого круга Первенства ФНЛ-2015/16 4 клуба: «Волга» (Нижний Новгород)[1], саратовский «Сокол»[2], иркутский «Байкал»[3] и «Луч-Энергия» из Владивостока[4]. Они были заменены хабаровской «СКА-Энергией» (17-е место после первого круга), московским «Чертаново», «Краснодаром-2» (обе команды — из первенства ПФЛ 2015/2016) и второй командой прошлогоднего победителя — астраханского «Волгаря»[5] (обеими руководил Юрий Газзаев[6]).
В этом году Кубок ФНЛ впервые прошёл с изменённой формулой группового этапа, на котором команды играли не по круговой системе («каждый с каждым»), а распределялись по местам в группах по принципу системы плей-офф.
Разделение участников на группы в зависимости от занятых по итогам первого круга первенства России мест сохранилось, однако теперь оно влияло лишь на соперника по первому матчу. В зависимости от итогов которого строилась дальнейшая турнирная сетка для каждой команды, формируемая по принципу стыковых матчей сначала между командами из одной группы (2-й тур, 2-й матч — победители первого тура определяли победителя группы и команду, которая займёт в группе второе место; проигравшие в первом туре распределяли своим матчем 3-е и 4-е место в группе), далее с соперниками из параллельной группы (1/2 финала, 3-й матч — в соответствии с занятым местом в группе — полуфиналы за 1-4-е среди победителей групп, за 5-8-е среди вторых команд, за 9-12-е среди третьих и 13-16-е среди четвёртых), и в заключительных матчах в по итогам соответствующих полуфиналов разыгрывалось каждое место (финал, матч за 3-е место, матч за 5-е место и т. д.)
Незыблемым остался лишь принцип, согласно которому каждый из участников Кубка должен провести одинаковое количество матчей. Новая формула была разработана для ритмичности календаря — каждый участник Кубка провёл по четыре матча вместо прошлогодних пяти за девять дней.