Первый сезон провёл под названием СУО во второй лиге первенства России. В 1994—1997 годах выступал в третьей лиге. Затем потерял профессиональный статус и выступал в любительских соревнованиях, в том числе в первенстве КФК/ЛФЛ/ЛФК (1998—2003, 2005, 2007—2011/12) и Кубке России среди ЛФК.
С сезона 2014/15 был воссоздан профессиональный клуб. При этом фактически статуса футбольного клуба у «Чертаново» не было, команда играла по договору с ПФЛ как спортивная школа, а в регламенте лиги был расширен соответствующий раздел[5][6][7]. В сезонах 2014/15, 2015/16 и 2016/17 команда выступала в зоне (группе) «Центр» Первенства ПФЛ. В сезоне-2017/18 выступала в группе «Запад», домашние матчи проводила на стадионе «Арена Чертаново», ранее играла на стадионах «Планета» (Подольск), «Янтарь» (в московском районе Строгино) и «Октябрь» (на улице Живописной в Москве).
В 2018 году «Чертаново» стало самой молодой командой, которой удалось пробиться в ФНЛ — средний возраст игроков меньше 19 лет[8][9], состав команды состоял исключительно из воспитанников спортшколы «Чертаново»[6][9]. В ФНЛ команда провела 3 сезона (2018/19, 2019/20, 2020/21): в первом претендовала на участие в стыковых матчах за выход в премьер-лигу[6] и заняла 5-е место, во втором, проведённом не до конца из-за пандемии коронавируса, — 3-е, уступив 2-е по дополнительным показателям[10], при этом у команды сохранялись шансы выйти в премьер-лигу напрямую, заняв 1-е или 2-е место, а стыковые матчи были отменены[9][11].
В связи с высокой арендной платой ближайших к «Арене Чертаново» стадионов «Труд» (Подольск) и имени Эдуарда Стрельцова домашние матчи в ФНЛ команда стала проводить на стадионах «Авангард» в Домодедове[12], Спортивном городке в Лужниках и «Сапсан Арена» в Москве (основным заявленным стадионом стал Спортивный городок «Лужники»). Вместимость «Арены Чертаново» планировалось увеличить за счёт реконструкции[13][8], в случае выхода в Премьер-лигу планировалось использовать БСА «Лужники»[14].
В зимнюю паузу 2018/19 три игрока «Чертаново» перешли в РПЛ: Наиль Умяров и Максим Глушенков стали игроками «Спартака», а Антон Зиньковский перебрался в «Крылья Советов»[15][16]. Летом 2020 года в «Крылья Советов» перешли 8 игроков и главный тренер Игорь Осинькин[9][10].
В 1993—1994 годах, а также с сезона-2014 молодёжная команда «Чертаново» («Чертаново-М») выступала в Первенстве России среди любительских футбольных клубов (третьем дивизионе), зона «Москва» (МРО «Центр»)[17]. После выхода первой команды в ФНЛ на сезон-2018/19 она снялась с первенства третьего дивизиона-2018 и заявилась в группу «Запад» Первенства ПФЛ-2018/19, как вторая команда клуба («Чертаново-2»[вд], тренер Денис Первушин)[18][19].