Кушум начинается как рукав реки Урал, отделяющийся от основного русла приблизительно в 2 км к северо-востоку от посёлка Круглоозёрное (ныне в подчинении администрации города Уральск[5]). Названия участка русла от начала до восточной окраины села Кушум — протока Кушум-Канал либо Старый Шаган[6][7]. Рукав отличается извилистостью и образует ряд рукавов и стариц[8].
После села Кушум русло резко спрямляется и получает название Кушумский канал. Данный участок водотока заканчивается впадением в Кировское водохранилище[7].
Вытекая из Кировского водохранилища, река окончательно приобретает основное название Кушум. Русло вновь становится извилистым[2][9]. Кушум последовательно протекает через Битикское, Донгелекское и Пятимарское водохранилища[3].
Проходя через озеро Тасонгар в нижнем течении, Кушум разделяется на два рукава[10][11]. Основной водоток проходит через озёра Орыскопа, Шертекен и Бирказанколь и и заканчивается впадением в озеро Казыбайсай[12]. Второй рукав, именуемый Старицей Кушум, впадает в озеро Жалтырколь[11].
Среднегодовой расход воды составляет 4,4 м³/с. Питание реки — преимущественно снеговое. Вода умеренно жёсткая и считается питьевой[4].
Благодаря мелководности Кушума его вода хорошо прогревается солнцем, что способствует высокой рыбопродуктивности. Наиболее ценные представители речной ихтиофауны — сазан и щука. Кроме того, в реке распространена более мелкая, но также представляющая промысловую ценность рыба: судак, лещ, белоглазка, голавль, густера, ёрш, краснопёрка, плотва, синец, чехонь[3].