До административной реформы местных самоуправлений Эстонии 2017 года входила в состав волости Юленурме (упразднена).
По данным переписи населения 2011 года, в Лемматси проживали 250 человек, из них 242 (96,8 %) — эстонцы[6].
По переписи населения 2021 года, в деревне насчитывалось 310 жителей, из них 300 (97,1 % ) — эстонцы[7].
В источниках 1796 года упоминается Lemetz (деревня, скотоводческая мыза и корчма), 1826 года — Lemmötsa-Mois (мыза)[10].
В XVIII веке на территории современной Лемматси была основана скотоводческая (позже побочная) мыза рыцарской мызы Карлова (нем. Karlowa, эст. Karlova mõis), построенной в Дерпте бароном Карлом фон Крюденером (Carl Gustav von Krüdener), — мыза Руэнталь[11] (нем. Ruhenthal, в переводе «Мирная долина», также Лемец, Лемматси (эст. Lemmatsi mõis))[12]. В начале 1920-х годов, в ходе земельной реформы, на землях мызы возникло поселение Лемматси, в 1977 году получившее официальный статус деревни[10].
В 1977 году, в период кампании по укрупнению деревень, с Лемматси была объединена часть деревни Варику (эст. Variku). Иногда именем Лемматси называют местность в Тарту, между улицей Аардла и железной дорогой, где проходит улица Лемматси (эст. Lemmatsi tänav)[10].