Расположен в 10 км к юго-востоку от Москвы, на окраине Мещёрской низменности. Железнодорожная платформа Малаховка на линии Москва — Рязань.
С востока к Малаховке примыкает посёлок Удельная, с юга — деревня Михнево, к юго-западу расположена деревня Пехорка, с северо-запада примыкает дачный посёлок Красково.
Малаховка принадлежит к числу известных «стародачных посёлков» наряду с Валентиновкой, Кратово, Переделкино и другими. Стародачными местами Подмосковья называют сохранившиеся резиденции советской элиты — академиков, генералитета, высшего партийного руководства, деятелей балета, театра и писателей, расположенные в лучших местах Московской области. Обычно это были деревянные, реже — каменные дома со всеми удобствами, включая газовое отопление, а иногда и магистральную канализацию, расположенные зачастую на лесных участках, рядом с рекой или прудом.[2]
Есть несколько версий происхождения названия «Малаховка». Первая — по селу Малаховьское, которое встречается в XIV веке в завещании Ивана Калиты.[3] Вторая — от еврейского слова «мелех» (царь), так как в XVII веке здесь любил охотиться государь Алексей Михайлович. Третья версия — по фамилии купца Малахова, который владел этими землями при Петре I. Название «Малаховская пустошь» упоминается в писцовых книгах под 1623 годом, а Малаховский хутор — в 1852 году. В 1884 году была построена железнодорожная платформа и с 1885 года Малаховка стала развиваться как дачный посёлок. Административно входила в состав Велинской волости Бронницкого уезда Московской губернии.
В 1885 году предприниматель Фёдор Шпигель построил в Малаховке первые дачи. Постепенно тут появились почта, аптека, магазины. В начале XX века Малаховка превратилась в популярный дачный посёлок. Одним из центров притяжения для богемы того времени стал дом Николая Телешова — писателя и организатора знаменитого кружка московских писателей «Среда». Летом 1918 года у него гостил Фёдор Шаляпин с семьёй. Кроме того, в 1913 году в посёлке жил художник Василий Суриков. В 1915 году именно в Малаховке Владимир Маяковский познакомился с Лилей Брик и её мужем Осипом, впоследствии они стали жить одной семьёй. На дачу к писателю Александру Родионову-Тарасову приезжал погостить «московский хулиган» и «последний поэт деревни» Сергей Есенин.
С 1929 по 1959 в составе Раменского района, в 1959-1960 в составе Люберецкого, в 1960-63 снова в составе Раменского, в 1963-65 в составе Люберецкого укрупнённого сельского района, с 1965 в составе Люберецкого района.