Главными реками Ярославля являются Волга и её правый приток Которосль. В них впадает несколько речушек и ручьёв.
Бурчи́ха, или Бурчи́хинский ручей — правый приток Волги, протекает между посёлками Редковицыно и Парижская Коммуна, устье в 700 м севернее Юбилейного моста. Пересекает Тутаевское шоссе. Фактически превращён в сточную канаву. Вода имеет запах сероводорода.
Великая — правый приток Волги к югу от Ярославля, по ней частично проходит граница города с Ярославским районом.
Галка, или Верхняя Нора — правый приток Волги к северу от Норского, по ней проходит граница города с Ярославским районом.
Дядьков(ский) ручей, или Дуна́йка — правый приток Волги, самый длинный ручей в городе. Берёт начало у посёлка Нагорный, протекает через Новосёлки и Дядьково, устье около судостроительного завода. Упоминается с начала XVII века как Дятьковский ручей. Название Дунайка появилось в обиходе со времени побед Русской армии на Дунае в 1877 году. Дал название деревне Дядьково, позднее одноимённому жилому району Ярославля и пригородной железнодорожной станции Дунайка. В XVIII веке купец Свешников в устье ручья открыл серно-купоросный завод. В конце XIX — начале XX века рядом с устьем были устроены грузовые причалы, в том числе нефтеналивные; лесопильные и другие предприятия, к которым была подведена железнодорожная ветка от станции Ярославль-Город. В нижней части течения превращён в сточную канаву.
Каварда́ковский, Купа́льн(-ый, -ичий, -ичный), Струбец, Ува́ровский, или Зеленцо́вский ручей — правый приток Которосли. Берёт начало из родников среди болотин у посёлка Новые Полянки, протекает через Петропавловский парк, около Толчкова спускается в Которосль по глубокому оврагу. До строительства железной дороги исток ручья был на западном склоне Поклонной горы. В языческие времена территория вокруг ручья служила местом купальных обрядов, празднеств и игрищ (кавардак — гулянье, веселье), о чём в конце XIX — начале XX века напоминал праздник солонины. В XVII—XVIII веках также назывался Струбец, в XVIII—XIX веках — Уваровский (рядом были владения графов Уваровых), с XIX века — Зеленцовский (по фамилии живших здесь домовладельцев). В начале XVII века в устье ручья было 3 запруды с мукомольными мельницами. В начале XVIII века купцами Затрапезновыми у ручья была основана Ярославская полотняная мануфактура — первое крупное предприятие Ярославля. На ручье был создан каскад прудов.